More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2356 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2356  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 232 aa  461  1e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.020915  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 238 aa  191  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 230 aa  189  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  44.25 
 
 		 233 aa  188  7e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 234 aa  188  7e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 		 242 aa  186  2e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.2 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.62 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.8 
 
 		 236 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  43.78 
 
 		 237 aa  185  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 230 aa  185  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 237 aa  185  7e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 229 aa  184  9e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0255  DNA-binding response regulator  43.4 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  44.07 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  44.3 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0273  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.484752  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0317  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0287  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  44.3 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  42.17 
 
 		 230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3288  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0366247  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 239 aa  181  6e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  43.64 
 
 		 236 aa  181  7e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 234 aa  181  8.000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  42.98 
 
 		 234 aa  181  8.000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.86 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  41.7 
 
 		 237 aa  180  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  43.83 
 
 		 235 aa  180  1e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  41.92 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2250  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  39.06 
 
 		 245 aa  179  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3620  DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0597824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3396  DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000765328  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3358  transcriptional regulatory protein  42.11 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000200566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3308  transcriptional regulatory protein  42.11 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000872353  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3661  DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3612  DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.20142e-22 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 228 aa  179  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3627  DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  42.54 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1606  DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00543423  hitchhiker  0.0000000112462 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3709  DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000227696  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2250  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000295266  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1893  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  40.61 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.67 
 
 		 246 aa  179  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  43.17 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1802  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.150286  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0719  DNA-binding response regulator  41.81 
 
 		 236 aa  178  8e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0951718  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  42.42 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2180  DNA-binding response regulator  44.78 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0299585  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  42.67 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 238 aa  176  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1891  DNA-binding response regulator  44.78 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  43.16 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  40.61 
 
 		 235 aa  177  2e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2485  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 234 aa  176  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0105  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09580  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40 
 
 		 244 aa  176  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.132168 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  41.48 
 
 		 228 aa  175  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.92 
 
 		 226 aa  176  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 237 aa  175  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4198  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 229 aa  175  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  40.43 
 
 		 239 aa  175  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>