More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0913 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_0913  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 335 aa  660    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  45.81 
 
 		 340 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  46.03 
 
 		 344 aa  227  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1474  transcriptional regulator, LacI family  42.38 
 
 		 345 aa  219  5e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4990  transcriptional regulator, LacI family  45.03 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.9 
 
 		 333 aa  205  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4158  alanine racemase  38.15 
 
 		 416 aa  179  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2147  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.5 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3911  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.363783 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3623  transcriptional regulator, LacI family  37.35 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6529  transcriptional regulator, LacI family  36.01 
 
 		 338 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0128002 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 		 346 aa  139  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  27.51 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  30.15 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  30.15 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.39 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  29.17 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  29.85 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  29.85 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  29.85 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.58 
 
 		 353 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 331 aa  129  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  28.84 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  28.84 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  32.64 
 
 		 343 aa  129  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  37.28 
 
 		 349 aa  129  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  28.84 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  28.84 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  28.84 
 
 		 330 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.78 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  27.96 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  28.84 
 
 		 330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.39 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.41 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0403  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 350 aa  126  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  28.14 
 
 		 329 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0590  LacI family transcription regulator  26.97 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000145078  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.47 
 
 		 331 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08380  transcriptional regulator  36.45 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.689367  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.23 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  31.32 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  27.99 
 
 		 336 aa  122  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.15 
 
 		 342 aa  122  9e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2511  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  30.99 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  36.17 
 
 		 345 aa  121  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  28 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  32.32 
 
 		 348 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.58 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  29.68 
 
 		 341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  33.11 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1359  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 350 aa  120  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.343694 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  24.7 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.53 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.7 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.28 
 
 		 386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  28.38 
 
 		 352 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 340 aa  119  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  27.78 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  36.15 
 
 		 338 aa  119  9e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  30.5 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  30.06 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4021  transcriptional regulator, LacI family  37.05 
 
 		 350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613602  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  26.74 
 
 		 344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4409  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  27.68 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.54 
 
 		 336 aa  116  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3366  transcriptional regulator, LacI family  34.95 
 
 		 345 aa  116  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.621773  hitchhiker  0.000736287 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  28.43 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 336 aa  116  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1880  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 335 aa  116  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.65 
 
 		 337 aa  116  6e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.86 
 
 		 333 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  26.79 
 
 		 336 aa  115  7.999999999999999e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  28.1 
 
 		 332 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 		 342 aa  115  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.93 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1710  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.229438 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  33.45 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  33.22 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  31.35 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  31.93 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.15 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  32.12 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  31.13 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  30.82 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.93 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  26.79 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  27.86 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>