More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1710 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1710  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 344 aa  685    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2029  transcriptional regulator, LacI family  82.22 
 
 		 343 aa  570  1e-161  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  66.96 
 
 		 346 aa  432  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6728  transcriptional regulator, LacI family  58.63 
 
 		 330 aa  345  8e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.30676 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  48.66 
 
 		 352 aa  313  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.96 
 
 		 339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0141  transcriptional regulator, LacI family  48.22 
 
 		 352 aa  286  2.9999999999999996e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06650  transcriptional regulator, LacI family  50.28 
 
 		 355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.742485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0922  regulatory protein LacI  53.35 
 
 		 358 aa  283  4.0000000000000003e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000135771  normal  0.0875703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1039  transcriptional regulator, LacI family  47.31 
 
 		 335 aa  270  2.9999999999999997e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3360  transcriptional regulator, LacI family  51.99 
 
 		 341 aa  256  3e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.706922  normal  0.566269 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1201  transcriptional regulator, LacI family  47.24 
 
 		 369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0888  transcriptional regulator, LacI family  47.81 
 
 		 349 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  42.03 
 
 		 374 aa  231  9e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2426  LacI family transcription regulator  45.37 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0287642  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28980  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2180  transcriptional regulator, LacI family  44.26 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000177462 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  39.16 
 
 		 333 aa  205  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0629  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 339 aa  202  5e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.409769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 342 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  36.15 
 
 		 337 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5609  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 335 aa  192  8e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.918493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0134  transcriptional regulator, LacI family  37.06 
 
 		 360 aa  191  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  37.17 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 		 336 aa  192  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5756  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.41 
 
 		 337 aa  187  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  37.46 
 
 		 338 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 332 aa  182  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0580  LacI family response repressor  36.11 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  35.83 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.76 
 
 		 347 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  35.34 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.34 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  34.59 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.64 
 
 		 352 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 353 aa  176  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 335 aa  176  7e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 336 aa  175  8e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  35.59 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2344  transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.25 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  32.75 
 
 		 348 aa  172  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 346 aa  173  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 336 aa  173  5e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 334 aa  172  5.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 368 aa  172  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 340 aa  172  6.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.94 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.13 
 
 		 353 aa  171  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0918  transcriptional regulator, LacI family  37.03 
 
 		 349 aa  172  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  31.85 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  35.96 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6831  LacI family transcription regulator  36.15 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.58 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.58 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  35 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.04 
 
 		 330 aa  169  7e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  35.41 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  34.08 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.1 
 
 		 343 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.21 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  36.18 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  35.88 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.14 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  35.09 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  35.07 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.98 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  34.38 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  36.28 
 
 		 340 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  34.01 
 
 		 344 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.97 
 
 		 333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.66 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 333 aa  165  9e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  35.38 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.22 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  33.14 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.59 
 
 		 349 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3009  transcriptional regulator, LacI family  42.86 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0822147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.49 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 357 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.49 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.85 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  35.02 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  35.08 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>