More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3805 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0212  shikimate transporter  72.12 
 
 		 465 aa  634    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1626  shikimate transporter  95.17 
 
 		 435 aa  830    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5961  shikimate transporter  95.86 
 
 		 434 aa  828    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1221  shikimate transporter  86.21 
 
 		 435 aa  754    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4273  shikimate transporter  100 
 
 		 435 aa  856    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.156206 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2269  shikimate transporter  78.44 
 
 		 439 aa  699    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3973  shikimate transporter  95.86 
 
 		 435 aa  833    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.483442  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4227  shikimate transporter  95.85 
 
 		 435 aa  827    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3805  shikimate transporter  100 
 
 		 435 aa  856    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  normal  0.688015 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6035  shikimate transporter  78.21 
 
 		 439 aa  702    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4394  shikimate transporter  95.86 
 
 		 435 aa  833    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477148  normal  0.899041 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01893  shikimate transporter  70.94 
 
 		 438 aa  629  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1672  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  70.94 
 
 		 438 aa  629  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2263  shikimate transporter  71.17 
 
 		 438 aa  628  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0207  shikimate transporter  71.93 
 
 		 465 aa  628  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1662  shikimate transporter  71.17 
 
 		 438 aa  630  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.520984  normal  0.0496454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1144  shikimate transporter  71.17 
 
 		 438 aa  629  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000733491  hitchhiker  0.000000475287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01882  hypothetical protein  70.94 
 
 		 438 aa  629  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2823  shikimate transporter  73.03 
 
 		 438 aa  627  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.347269  normal  0.535086 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2104  shikimate transporter  70.94 
 
 		 438 aa  627  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000181469  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2571  shikimate transporter  73.51 
 
 		 437 aa  626  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0987  shikimate transporter  70.68 
 
 		 310 aa  439  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1587  major facilitator transporter  46.55 
 
 		 450 aa  365  1e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.891359  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4541  major facilitator transporter  44.9 
 
 		 439 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.474963  normal  0.714624 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2032  major facilitator transporter  45 
 
 		 439 aa  344  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450728  normal  0.16892 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0243  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  45.59 
 
 		 437 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4318  major facilitator transporter  45.01 
 
 		 439 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4048  major facilitator transporter  45.01 
 
 		 439 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0869813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3477  major facilitator transporter  45.01 
 
 		 439 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3443  major facilitator transporter  45.19 
 
 		 439 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0269111 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3917  major facilitator superfamily MFS_1  45.81 
 
 		 446 aa  341  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.981496  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3950  major facilitator transporter  44.97 
 
 		 439 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.728189 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3577  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  44.21 
 
 		 437 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4107  General substrate transporter  45.83 
 
 		 447 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1047  major facilitator transporter  43.76 
 
 		 451 aa  328  8e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2344  major facilitator transporter  46.52 
 
 		 461 aa  328  8e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4431  putative transmembrane transport protein (general substrate transporter)  44.01 
 
 		 468 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.90441  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2798  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  44.72 
 
 		 437 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.606232  normal  0.0553764 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10040  nitrate/nitrite transporter  43.27 
 
 		 439 aa  322  7e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5928  major facilitator transporter  44.31 
 
 		 442 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0996299  normal  0.185357 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3998  General substrate transporter  44.72 
 
 		 430 aa  316  5e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5329  major facilitator superfamily MFS_1  44.53 
 
 		 440 aa  313  4.999999999999999e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2383  major facilitator transporter  44.83 
 
 		 441 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0374  major facilitator transporter  45.1 
 
 		 433 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1438  major facilitator superfamily MFS_1  43.06 
 
 		 458 aa  310  4e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4108  major facilitator family transporter  42.08 
 
 		 449 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.073539  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4135  general substrate transporter  42.08 
 
 		 449 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4524  major facilitator transporter  40.62 
 
 		 439 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.063118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1708  General substrate transporter  39.67 
 
 		 430 aa  307  3e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0233  major facilitator family transporter  41.81 
 
 		 433 aa  305  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0442983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0251  shikimate transporter  42.05 
 
 		 433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0233  shikimate transporter  41.56 
 
 		 433 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.30942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8895  General substrate transporter  40 
 
 		 455 aa  303  4.0000000000000003e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0249  shikimate transporter  41.56 
 
 		 433 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4866  major facilitator transporter  40.38 
 
 		 445 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.778964 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0236  shikimate transporter  41.81 
 
 		 433 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4702  general substrate transporter  40.49 
 
 		 461 aa  300  4e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.57172  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5087  general substrate transporter  40.49 
 
 		 461 aa  300  4e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.829473 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4788  general substrate transporter  40.49 
 
 		 461 aa  300  4e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4830  major facilitator transporter  43.06 
 
 		 442 aa  299  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.00000135827  hitchhiker  0.00785352 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33020  arabinose efflux permease family protein  41.46 
 
 		 446 aa  298  1e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.471979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6090  major facilitator transporter  43.69 
 
 		 450 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791826  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0699  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  42.01 
 
 		 436 aa  296  6e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.351028  hitchhiker  0.00674532 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3897  general substrate transporter  39.42 
 
 		 436 aa  295  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4378  major facilitator superfamily MFS_1  41.77 
 
 		 436 aa  295  9e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.940021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2899  major facilitator superfamily transporter  39.76 
 
 		 430 aa  294  2e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.872832  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19080  arabinose efflux permease family protein  41.45 
 
 		 443 aa  293  5e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.297545  normal  0.79631 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3813  major facilitator transporter  39.46 
 
 		 439 aa  293  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493152 
 
 
-
 
NC_003296  RS02317  transporter transmembrane protein  41.12 
 
 		 409 aa  293  6e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.14358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5948  major facilitator transporter  44.44 
 
 		 442 aa  293  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3446  major facilitator superfamily MFS_1  39.14 
 
 		 435 aa  292  9e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.195476  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1778  major facilitator transporter  43.33 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5743  major facilitator superfamily MFS_1  43.34 
 
 		 461 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0804971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7815  major facilitator superfamily MFS_1  38.66 
 
 		 442 aa  291  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3902  major facilitator transporter  37.98 
 
 		 441 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0925  major facilitator transporter  38.27 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.291991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5847  major facilitator transporter  43.06 
 
 		 455 aa  290  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6220  major facilitator transporter  41.02 
 
 		 434 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6110  major facilitator superfamily MFS_1  40.98 
 
 		 452 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.92916 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5496  major facilitator transporter  37.62 
 
 		 435 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499469  normal  0.463125 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2487  major facilitator transporter  41.23 
 
 		 445 aa  288  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3580  major facilitator transporter  37.62 
 
 		 435 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0076  major facilitator transporter  41.13 
 
 		 450 aa  288  2e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5364  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 460 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4787  major facilitator transporter  37.62 
 
 		 435 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.991397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1794  major facilitator family transporter  41.69 
 
 		 433 aa  286  5e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0265236  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4172  major facilitator transporter  37.99 
 
 		 439 aa  286  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.756648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4694  major facilitator transporter  37.99 
 
 		 439 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3534  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 460 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.554978  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2499  major facilitator superfamily MFS_1  40.62 
 
 		 454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0325  major facilitator transporter  38.48 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1613  major facilitator superfamily protein  40 
 
 		 482 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0314  major facilitator transporter  38.48 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0335  major facilitator transporter  38.48 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.280682 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2307  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  41.43 
 
 		 452 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4735  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 445 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.110403  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1131  major facilitator transporter  39.56 
 
 		 436 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1143  major facilitator transporter  39.42 
 
 		 436 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.287074 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3892  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 445 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.50239  normal  0.071614 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3628  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 445 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.804515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>