155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5159 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  100 
 
 
347 aa  688    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  73.83 
 
 
345 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6181  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.43 
 
 
356 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.391334 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1256  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.49 
 
 
356 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.307544  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6576  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.49 
 
 
356 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807047  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  55.43 
 
 
344 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.090256 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6148  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  56.4 
 
 
348 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0762309  hitchhiker  0.00309202 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.1 
 
 
348 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32007 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4828  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  51.9 
 
 
347 aa  348  6e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0277486  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5886  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.05 
 
 
346 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.651755 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5162  ABC transporter binding protein  54.78 
 
 
348 aa  332  5e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2340  ABC transporter binding protein  52.35 
 
 
351 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0518238  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0517  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  53.16 
 
 
346 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0404  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  42.45 
 
 
368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.05 
 
 
372 aa  185  9e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.78 
 
 
381 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  34.73 
 
 
370 aa  176  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  34.73 
 
 
370 aa  176  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.41 
 
 
370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  34.59 
 
 
358 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  34.21 
 
 
354 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  33.81 
 
 
357 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  33.92 
 
 
358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  29.83 
 
 
357 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  33.92 
 
 
358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  28.57 
 
 
358 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  28.57 
 
 
358 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  28.25 
 
 
358 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.47 
 
 
354 aa  119  7.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.00000233808  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5972  rbsB; ABC transporter substrate binding protein (ribose)  31.1 
 
 
337 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118573  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6459  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.98 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0427942  normal  0.0971645 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2757  sugar-binding protein, putative  28.97 
 
 
323 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2877  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.76 
 
 
334 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.475569  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.56 
 
 
350 aa  63.2  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43620  ribose ABC transporter  27.96 
 
 
335 aa  62.8  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0182793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2996  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.87 
 
 
323 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.809705  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0531  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  25.76 
 
 
329 aa  60.1  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2996  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  26.81 
 
 
334 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.15 
 
 
317 aa  59.7  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.53 
 
 
315 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.53 
 
 
315 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.53 
 
 
315 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2758  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  27.34 
 
 
342 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.904203  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2365  ABC sugar (ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit  26.99 
 
 
320 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.149259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 
320 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2995  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.8 
 
 
342 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.25 
 
 
319 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0045  sugar ABC transporter periplasmic protein  28.68 
 
 
327 aa  57.4  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00285996  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4173  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.41 
 
 
317 aa  57  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
310 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.59 
 
 
321 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0135  ABC periplasmic-binding sugar transport protein  28.31 
 
 
338 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0366053  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0414  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  28.31 
 
 
336 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1426  putative carbohydrate ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.31 
 
 
336 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.134002  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1166  ABC periplasmic-binding sugar transport protein  28.31 
 
 
336 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  28.95 
 
 
310 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.37 
 
 
321 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1513  putative carbohydrate ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.31 
 
 
521 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.6 
 
 
319 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5165  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  29.2 
 
 
337 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.11 
 
 
306 aa  53.9  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  27.82 
 
 
308 aa  53.5  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.05 
 
 
311 aa  53.5  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5473  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 
315 aa  53.5  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433436  normal  0.94425 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2854  putative secreted solute-binding lipoprotein  27.31 
 
 
324 aa  53.5  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.1 
 
 
312 aa  52.8  0.000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  33.54 
 
 
331 aa  52.8  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 
321 aa  51.2  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.2 
 
 
315 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.2 
 
 
315 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1187  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  24.62 
 
 
337 aa  51.2  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.287912  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.99 
 
 
349 aa  50.8  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1193  putative ABC transporter  29.84 
 
 
370 aa  50.4  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1231  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.17 
 
 
329 aa  50.8  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.165641 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  27.04 
 
 
319 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  26.72 
 
 
319 aa  50.1  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 
329 aa  49.7  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5319  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.72 
 
 
315 aa  49.7  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0693893  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0364  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.17 
 
 
329 aa  49.7  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0431  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.17 
 
 
329 aa  49.7  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.44 
 
 
347 aa  49.3  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  25.64 
 
 
333 aa  49.3  0.00009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4693  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.26 
 
 
328 aa  49.3  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  28.9 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.9 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  28.9 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  25.36 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3126  monosaccharide-transporting ATPase  23.62 
 
 
310 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.15 
 
 
294 aa  48.9  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.43 
 
 
313 aa  48.9  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1853  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.64 
 
 
316 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  28.9 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  28.9 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3724  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  33.62 
 
 
327 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.928243  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1963  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.64 
 
 
316 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.074975  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4492  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.93 
 
 
354 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0122435  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  28.9 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  28.9 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.52 
 
 
318 aa  48.5  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.57 
 
 
343 aa  48.1  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>