96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4492 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4492  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 354 aa  712    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0122435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.61 
 
 		 335 aa  172  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.200483  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  36.63 
 
 		 324 aa  170  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  38.59 
 
 		 327 aa  165  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1806  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.45 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.599386 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.86065 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.5 
 
 		 345 aa  151  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2318  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  35.88 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4615  secreted solute binding protein  33.84 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1358  putative ABC transporter substrate-binding protein  32.65 
 
 		 337 aa  135  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2690  sugar ABC transporter  31.92 
 
 		 341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0656  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.71 
 
 		 326 aa  132  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1342  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.75 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1721  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.88 
 
 		 329 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.525383  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2471  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.33 
 
 		 331 aa  125  8.000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4537  sugar ABC transporter  31.85 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  31.79 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2410  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.12 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.372916 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1831  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.38 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2772  putative ABC transporter substrate-binding protein  31.05 
 
 		 358 aa  123  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1691  sugar ABC transporter  32.5 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126828  normal  0.746229 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0830  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.51 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.84032  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1590  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.32 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4849  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.5 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999053  normal  0.0394517 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6778  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.97 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1329  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.77 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2806  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.14 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0779562  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1425  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.65 
 
 		 316 aa  104  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.00000000184688  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1597  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.79 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2644  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  29.3 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0801718  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0916  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  28.99 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.989133  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0729  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  28.99 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1834  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.99 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1447  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  28.99 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.476916  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1680  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  28.99 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1658  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  28.99 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.952286  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0433  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  28.99 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0336223  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.04 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000331055  normal  0.275562 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2427  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.66 
 
 		 351 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436825 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1208  sugar binding protein of ABC transporter  27.33 
 
 		 320 aa  92.4  9e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0308996  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1274  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.54 
 
 		 325 aa  92.8  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.031802  normal  0.351389 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1724  twin-arginine translocation pathway signal  31.42 
 
 		 337 aa  89.4  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2409  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.24 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0550  hypothetical protein  26.15 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0452037  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5241  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.46 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.635479 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2602  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.36 
 
 		 363 aa  62.4  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1132  putative solute-binding component of ABC transporter  24.44 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0041819  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1150  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.67 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5835  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.13 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  27.36 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.69 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.69 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0045  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.9 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0916  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  26.87 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.54 
 
 		 338 aa  55.1  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.98 
 
 		 337 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.74 
 
 		 345 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.07 
 
 		 316 aa  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.99 
 
 		 337 aa  50.4  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0354  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  25.43 
 
 		 357 aa  49.3  0.00009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0988695 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  32.67 
 
 		 347 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5473  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.6 
 
 		 315 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433436  normal  0.94425 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0844  hypothetical protein  27.27 
 
 		 336 aa  48.5  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.655414  normal  0.0599894 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  26.99 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0393  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  22.33 
 
 		 321 aa  47  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6225  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.94 
 
 		 362 aa  46.6  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4489  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.88 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.311346  decreased coverage  0.000667621 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.14 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.99678 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.77 
 
 		 319 aa  45.8  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  23.98 
 
 		 345 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0778  ribose ABC transporter periplasmic-binding protein  25.13 
 
 		 353 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.481404  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1581  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.13 
 
 		 350 aa  45.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00316739  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3430  ABC transporter binding protein  22.88 
 
 		 316 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0397056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4006  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.04 
 
 		 327 aa  44.3  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 		 315 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 		 315 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 		 315 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.75 
 
 		 315 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.32 
 
 		 313 aa  44.3  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.75 
 
 		 315 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  25.58 
 
 		 329 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.12 
 
 		 329 aa  44.3  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2012  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.26 
 
 		 356 aa  43.5  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0505  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.41 
 
 		 339 aa  43.1  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.298417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.36 
 
 		 309 aa  43.1  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00405542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.03 
 
 		 312 aa  43.1  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.91 
 
 		 349 aa  42.7  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2781  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.67 
 
 		 349 aa  42.7  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.79 
 
 		 362 aa  42.7  0.009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0726472 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2808  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.67 
 
 		 349 aa  42.7  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.122332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.67 
 
 		 349 aa  42.7  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.0535027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  21.07 
 
 		 344 aa  42.7  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.090256 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>