More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6851 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
335 aa  669    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.200483  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  59.57 
 
 
327 aa  329  5.0000000000000004e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  52.4 
 
 
324 aa  322  6e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2471  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.17 
 
 
331 aa  241  1e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.91 
 
 
345 aa  238  8e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2690  sugar ABC transporter  43.75 
 
 
341 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4615  secreted solute binding protein  43.51 
 
 
335 aa  235  6e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0656  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.22 
 
 
326 aa  235  7e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.64 
 
 
333 aa  233  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.86065 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.66 
 
 
328 aa  232  7.000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.66 
 
 
328 aa  231  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131793  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1806  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.25 
 
 
333 aa  227  2e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.599386 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2772  putative ABC transporter substrate-binding protein  45.39 
 
 
358 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0830  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.49 
 
 
314 aa  216  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.84032  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1358  putative ABC transporter substrate-binding protein  43.56 
 
 
337 aa  215  8e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2318  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  40.43 
 
 
320 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  36.39 
 
 
331 aa  206  4e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4537  sugar ABC transporter  41.55 
 
 
337 aa  206  6e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1831  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.67 
 
 
309 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1342  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  40.28 
 
 
309 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4849  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.11 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999053  normal  0.0394517 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1691  sugar ABC transporter  40.34 
 
 
304 aa  197  3e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126828  normal  0.746229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2410  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.16 
 
 
310 aa  192  7e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.372916 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.45 
 
 
311 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1721  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37 
 
 
329 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.525383  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4492  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.61 
 
 
354 aa  172  5.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0122435  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1590  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.59 
 
 
319 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2644  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  31.92 
 
 
349 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0801718  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0916  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  31.27 
 
 
349 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.989133  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1834  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.27 
 
 
349 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1447  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  31.27 
 
 
370 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.476916  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0433  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  31.27 
 
 
349 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0336223  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1658  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  31.27 
 
 
349 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.952286  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0729  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  31.27 
 
 
349 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1680  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  31.27 
 
 
370 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1274  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.95 
 
 
325 aa  155  8e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.031802  normal  0.351389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2806  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  32.58 
 
 
348 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0779562  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1329  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  32.26 
 
 
348 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6778  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.28 
 
 
347 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1724  twin-arginine translocation pathway signal  34.72 
 
 
337 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1597  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.65 
 
 
351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 
316 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000331055  normal  0.275562 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2427  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.65 
 
 
351 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.436825 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1425  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.72 
 
 
316 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.00000000184688  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2409  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.67 
 
 
314 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1208  sugar binding protein of ABC transporter  29.82 
 
 
320 aa  107  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0308996  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5241  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.8 
 
 
316 aa  86.3  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.635479 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0045  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.48 
 
 
327 aa  84  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765358  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.83 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.05 
 
 
351 aa  83.6  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.83 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0916  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  27.3 
 
 
331 aa  82.8  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5835  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.21 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0550  hypothetical protein  27.87 
 
 
364 aa  78.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0452037  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3072  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25.28 
 
 
343 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00067059  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  26.72 
 
 
295 aa  77  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0354  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  27.9 
 
 
357 aa  77  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0988695 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.27 
 
 
345 aa  75.5  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3603  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  25.2 
 
 
342 aa  74.3  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  26.38 
 
 
294 aa  73.9  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1853  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.83 
 
 
339 aa  73.2  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4006  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.52 
 
 
327 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  27.64 
 
 
289 aa  70.9  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  25.96 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.86 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  29.04 
 
 
306 aa  69.7  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  28.1 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5154  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  23.93 
 
 
342 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0997977  normal  0.778027 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.38 
 
 
349 aa  68.9  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  25.11 
 
 
292 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  29.41 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  27.47 
 
 
292 aa  67.8  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2602  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.64 
 
 
363 aa  68.2  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  28.06 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3430  ABC transporter binding protein  26.15 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0397056  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.14 
 
 
343 aa  67.8  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1150  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.45 
 
 
359 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.31 
 
 
350 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.24 
 
 
311 aa  63.5  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.19 
 
 
315 aa  63.5  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.37 
 
 
323 aa  63.2  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4408  hypothetical protein  30.41 
 
 
347 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.46 
 
 
319 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4406  hypothetical protein  30.41 
 
 
347 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4293  hypothetical protein  30.41 
 
 
347 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4323  hypothetical protein  30.41 
 
 
347 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.26 
 
 
331 aa  62  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4347  ribose ABC transporter, substrate binding protein  28.97 
 
 
340 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.59 
 
 
301 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01473  AI2 transporter  30.96 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2130  putative sugar transport protein  30.96 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.39 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.64 
 
 
329 aa  61.6  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2129  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  30.96 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.3 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01484  hypothetical protein  30.96 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.91 
 
 
316 aa  61.2  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1656  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  30.96 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.915818  normal  0.792021 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4476  hypothetical protein  29.27 
 
 
347 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1598  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  30.96 
 
 
340 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>