279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2579 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
344 aa  684    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.090256 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  72.84 
 
 
348 aa  484  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32007 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6148  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  72.84 
 
 
348 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0762309  hitchhiker  0.00309202 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5162  ABC transporter binding protein  71.38 
 
 
348 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6181  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.47 
 
 
356 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.391334 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1256  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64 
 
 
356 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.307544  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6576  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64 
 
 
356 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807047  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4828  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  57.82 
 
 
347 aa  399  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0277486  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  59.69 
 
 
345 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5886  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.56 
 
 
346 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.651755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2340  ABC transporter binding protein  54.52 
 
 
351 aa  358  6e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0518238  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0517  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  56.96 
 
 
346 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  56.27 
 
 
347 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0404  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  40.57 
 
 
368 aa  252  6e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 
372 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.13 
 
 
381 aa  203  4e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.54 
 
 
370 aa  198  9e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.22 
 
 
370 aa  196  7e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  36.22 
 
 
370 aa  196  7e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  30.89 
 
 
354 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  31.13 
 
 
358 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  29.81 
 
 
358 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  29.94 
 
 
358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  29.87 
 
 
357 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  27.8 
 
 
358 aa  135  8e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  27.8 
 
 
358 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  27.48 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.63 
 
 
354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.00000233808  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  27.01 
 
 
357 aa  122  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  30 
 
 
295 aa  75.1  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.66 
 
 
313 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.34 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  30.05 
 
 
312 aa  68.2  0.0000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.64 
 
 
319 aa  67.4  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1919  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.61 
 
 
364 aa  66.2  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.14 
 
 
313 aa  65.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.64 
 
 
313 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  26.77 
 
 
289 aa  64.3  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.88 
 
 
322 aa  63.5  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.14 
 
 
318 aa  63.5  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4070  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  28.41 
 
 
328 aa  62.8  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 
318 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.63 
 
 
316 aa  60.8  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  29.32 
 
 
331 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.07 
 
 
345 aa  61.2  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.89 
 
 
318 aa  60.5  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.54 
 
 
349 aa  60.5  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.14 
 
 
308 aa  60.1  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  27.42 
 
 
300 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.14 
 
 
301 aa  59.3  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  25.99 
 
 
313 aa  58.9  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6710  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  26.5 
 
 
331 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440152 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.14 
 
 
306 aa  58.5  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.310763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 
315 aa  57.8  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6712  ABC transporter  27.51 
 
 
315 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0620834  normal  0.169373 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  26.25 
 
 
324 aa  57  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  23.74 
 
 
307 aa  56.6  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4615  secreted solute binding protein  30.71 
 
 
335 aa  56.2  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.71 
 
 
343 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5809  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  24.68 
 
 
331 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2651  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.96 
 
 
313 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.132029  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  25.48 
 
 
315 aa  55.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1193  putative ABC transporter  32.76 
 
 
370 aa  54.7  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.89 
 
 
306 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1681  putative secreted solute-binding lipoprotein  25.91 
 
 
344 aa  54.3  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.156663  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  29.29 
 
 
327 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.7 
 
 
314 aa  54.3  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.09 
 
 
317 aa  53.9  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  25.86 
 
 
292 aa  53.5  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3012  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  25.13 
 
 
347 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.156643  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2976  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  25.13 
 
 
347 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3013  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  25.13 
 
 
347 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.521892  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  24.48 
 
 
322 aa  52.8  0.000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2266  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  25.13 
 
 
347 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.092972 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.17 
 
 
347 aa  52.8  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23 
 
 
311 aa  52.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1051  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  26.43 
 
 
371 aa  52.4  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.28211  normal  0.0668071 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0987  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.71 
 
 
392 aa  52.8  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
346 aa  52.4  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.07 
 
 
335 aa  52.4  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2763  sugar ABC transporter sugar-binding protein  24.62 
 
 
347 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0235197  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2713  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  24.62 
 
 
347 aa  51.2  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.209039  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.61 
 
 
323 aa  51.6  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2975  sugar ABC transporter sugar-binding protein  24.62 
 
 
347 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.582492  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.51 
 
 
326 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0830  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.71 
 
 
314 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.84032  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  24.61 
 
 
296 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2971  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  24.62 
 
 
347 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000100497 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.61 
 
 
323 aa  51.6  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  24.61 
 
 
296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2693  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  24.62 
 
 
347 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.614777  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  24.61 
 
 
294 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  24.61 
 
 
296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 
331 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  24.61 
 
 
294 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2595  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.61 
 
 
374 aa  50.8  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  24.61 
 
 
296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4318  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.54 
 
 
322 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0871118  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5319  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.72 
 
 
315 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0693893  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>