211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5886 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5886  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
346 aa  700    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.651755 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4828  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  90.78 
 
 
347 aa  642    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0277486  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0517  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  75.71 
 
 
346 aa  471  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6181  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  62.22 
 
 
356 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.391334 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1256  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  62.54 
 
 
356 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.307544  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6576  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  62.54 
 
 
356 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807047  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  59.56 
 
 
344 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.090256 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2340  ABC transporter binding protein  61.39 
 
 
351 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0518238  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.14 
 
 
348 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32007 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6148  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  56.83 
 
 
348 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0762309  hitchhiker  0.00309202 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5162  ABC transporter binding protein  58.33 
 
 
348 aa  348  5e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  52.04 
 
 
345 aa  333  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  53.53 
 
 
347 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0404  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  43.17 
 
 
368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.51 
 
 
372 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.02 
 
 
381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.09 
 
 
370 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  34.57 
 
 
370 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  34.57 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  32.97 
 
 
358 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  30.38 
 
 
354 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.09 
 
 
354 aa  139  4.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.00000233808  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  32.95 
 
 
357 aa  139  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  31.4 
 
 
358 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  31.4 
 
 
358 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  31.06 
 
 
358 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  29.69 
 
 
358 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  29.97 
 
 
358 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  29.82 
 
 
357 aa  129  8.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.95 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.69 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.6 
 
 
317 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.29 
 
 
313 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.48 
 
 
313 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  27.78 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.78 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
311 aa  67.8  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  28.03 
 
 
292 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 
306 aa  67  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.11 
 
 
348 aa  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.38 
 
 
321 aa  64.3  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.44 
 
 
319 aa  63.2  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  25.89 
 
 
322 aa  62  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.01 
 
 
349 aa  62  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.26 
 
 
316 aa  62  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  26.98 
 
 
292 aa  61.2  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  25.85 
 
 
319 aa  60.8  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  23.73 
 
 
345 aa  61.2  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  25.76 
 
 
295 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  27.65 
 
 
292 aa  60.5  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  27.27 
 
 
292 aa  60.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0776  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.17 
 
 
314 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  28.91 
 
 
300 aa  60.1  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.25 
 
 
330 aa  59.7  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  23.34 
 
 
338 aa  58.9  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  27.34 
 
 
331 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.56 
 
 
350 aa  58.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  25.45 
 
 
316 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.86 
 
 
343 aa  58.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.41 
 
 
335 aa  57.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3126  monosaccharide-transporting ATPase  25.24 
 
 
310 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.73 
 
 
319 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0125  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
339 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.512688 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  26.62 
 
 
294 aa  55.5  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  25.48 
 
 
289 aa  55.5  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2489  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.22 
 
 
314 aa  55.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.776207  normal  0.649417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.74 
 
 
306 aa  55.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.310763 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.81 
 
 
308 aa  54.7  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.69 
 
 
315 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  26.49 
 
 
318 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  27.02 
 
 
312 aa  54.3  0.000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.66 
 
 
318 aa  53.9  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.48 
 
 
339 aa  53.9  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.986111  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  25.71 
 
 
313 aa  53.5  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.19 
 
 
341 aa  53.5  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0193785  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.33 
 
 
322 aa  53.5  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  26.64 
 
 
295 aa  53.1  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 
318 aa  53.1  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.09 
 
 
310 aa  53.5  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5319  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.67 
 
 
315 aa  53.1  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0693893  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.3 
 
 
326 aa  52.8  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1919  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.38 
 
 
364 aa  52.8  0.000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1187  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  26.05 
 
 
337 aa  52.4  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.287912  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.08 
 
 
301 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  24.38 
 
 
308 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  26.64 
 
 
295 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  26.67 
 
 
319 aa  52.4  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  27.5 
 
 
307 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  25.95 
 
 
306 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  25.1 
 
 
329 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  25.44 
 
 
299 aa  51.6  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.07 
 
 
311 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 
329 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6710  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  25.25 
 
 
331 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440152 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.24 
 
 
335 aa  50.8  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.200483  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  25.75 
 
 
319 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.81 
 
 
320 aa  50.8  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  23.36 
 
 
306 aa  50.8  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.66 
 
 
309 aa  50.1  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>