157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5162 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5162  ABC transporter binding protein  100 
 
 
348 aa  693    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  81.03 
 
 
348 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32007 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6148  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  80.17 
 
 
348 aa  568  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0762309  hitchhiker  0.00309202 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  68.73 
 
 
344 aa  481  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.090256 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1256  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.31 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.307544  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6576  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.31 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807047  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6181  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.42 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.391334 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4828  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  59.43 
 
 
347 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0277486  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5886  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.41 
 
 
346 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.651755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  56.47 
 
 
345 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2340  ABC transporter binding protein  56.07 
 
 
351 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0518238  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0517  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  57.28 
 
 
346 aa  351  1e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  54.78 
 
 
347 aa  326  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0404  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  40.76 
 
 
368 aa  262  6.999999999999999e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.66 
 
 
372 aa  193  4e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.69 
 
 
370 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.36 
 
 
370 aa  186  7e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  36.36 
 
 
370 aa  186  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.88 
 
 
381 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  30.6 
 
 
357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  30.89 
 
 
354 aa  140  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  31.03 
 
 
358 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  30.79 
 
 
358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  29.97 
 
 
358 aa  136  7.000000000000001e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  28.81 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  28.81 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  28.53 
 
 
358 aa  132  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  28.16 
 
 
357 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.6 
 
 
354 aa  123  6e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.00000233808  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.04 
 
 
311 aa  65.5  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.1 
 
 
301 aa  63.5  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.8 
 
 
321 aa  59.3  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  30.73 
 
 
331 aa  57.4  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.66 
 
 
318 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.26 
 
 
313 aa  57.8  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.84 
 
 
313 aa  57  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  26.06 
 
 
306 aa  57  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.84 
 
 
313 aa  56.6  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  25.69 
 
 
319 aa  56.6  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.94 
 
 
317 aa  56.2  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.9 
 
 
323 aa  55.5  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.9 
 
 
323 aa  55.5  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  24.72 
 
 
292 aa  53.5  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
338 aa  52.4  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  27.04 
 
 
308 aa  52  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.87 
 
 
343 aa  52.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  26.42 
 
 
292 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6710  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  27.32 
 
 
331 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440152 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  26.19 
 
 
312 aa  51.2  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0390  D-ribose-binding periplasmic protein precursor  38.04 
 
 
337 aa  51.6  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.596263 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.16 
 
 
343 aa  50.8  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  30.04 
 
 
310 aa  50.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.4 
 
 
312 aa  50.4  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  25.39 
 
 
294 aa  50.8  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.47 
 
 
318 aa  50.4  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  28.57 
 
 
324 aa  50.1  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.1 
 
 
319 aa  50.4  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5809  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  26.29 
 
 
331 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.04 
 
 
310 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4070  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  32.8 
 
 
328 aa  50.1  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  26.27 
 
 
313 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  26.65 
 
 
311 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.41 
 
 
346 aa  49.7  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  26.65 
 
 
311 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  26.65 
 
 
311 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0125  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.91 
 
 
339 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.512688 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0830  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.83 
 
 
314 aa  48.9  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.84032  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0505  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.97 
 
 
339 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.298417  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
338 aa  48.9  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  24.25 
 
 
300 aa  48.9  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  26.35 
 
 
311 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.5 
 
 
343 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  27.57 
 
 
333 aa  48.1  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.46 
 
 
315 aa  48.1  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 
341 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0193785  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 
347 aa  48.5  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  25.28 
 
 
292 aa  48.5  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.91 
 
 
339 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.986111  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  26.58 
 
 
327 aa  47.8  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  26.76 
 
 
315 aa  47.8  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.67 
 
 
329 aa  47.4  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  24.05 
 
 
307 aa  47  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.13 
 
 
354 aa  47  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2772  putative ABC transporter substrate-binding protein  31.4 
 
 
358 aa  47  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  24.15 
 
 
292 aa  47  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.46 
 
 
330 aa  47  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0234  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 
345 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.594018 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.13 
 
 
354 aa  47  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  34.04 
 
 
341 aa  47  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.35 
 
 
345 aa  46.6  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0577  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.35 
 
 
358 aa  46.6  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.130999  normal  0.503483 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  25.94 
 
 
331 aa  46.6  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4476  hypothetical protein  24.3 
 
 
347 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4293  hypothetical protein  24.3 
 
 
347 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4323  hypothetical protein  24.3 
 
 
347 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  25.18 
 
 
289 aa  46.6  0.0007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.12 
 
 
311 aa  46.6  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4406  hypothetical protein  24.3 
 
 
347 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4408  hypothetical protein  24.3 
 
 
347 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0069  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
343 aa  46.2  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>