170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0404 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0404  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 
368 aa  744    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6148  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  41.44 
 
 
348 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0762309  hitchhiker  0.00309202 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.55 
 
 
348 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32007 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5886  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.17 
 
 
346 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.651755 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6181  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.3 
 
 
356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.391334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  40.57 
 
 
344 aa  252  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.090256 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1256  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.99 
 
 
356 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.307544  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6576  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.99 
 
 
356 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807047  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4828  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  42.24 
 
 
347 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0277486  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0517  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  43.12 
 
 
346 aa  246  4e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5162  ABC transporter binding protein  41.19 
 
 
348 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  40.94 
 
 
345 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2340  ABC transporter binding protein  40.75 
 
 
351 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0518238  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  41.72 
 
 
347 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.75 
 
 
370 aa  158  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  31.75 
 
 
370 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.13 
 
 
370 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.05 
 
 
381 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.9 
 
 
372 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  30.31 
 
 
358 aa  138  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  29.97 
 
 
357 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  30.28 
 
 
354 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  29.26 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  29.26 
 
 
358 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  28.98 
 
 
358 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  28.98 
 
 
358 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  28.98 
 
 
358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  28 
 
 
357 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.83 
 
 
354 aa  109  7.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.00000233808  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.69 
 
 
317 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.55 
 
 
319 aa  60.8  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  27.84 
 
 
295 aa  58.2  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2995  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.43 
 
 
342 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3533  putative periplasmic solute-binding protein  24.04 
 
 
333 aa  57  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2758  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  24.43 
 
 
342 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.904203  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43620  ribose ABC transporter  26.51 
 
 
335 aa  55.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0182793  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
348 aa  54.7  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.84 
 
 
306 aa  54.7  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.310763 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4476  hypothetical protein  23.08 
 
 
347 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  22.56 
 
 
308 aa  54.3  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.97 
 
 
318 aa  53.5  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.8 
 
 
318 aa  53.5  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2365  ABC sugar (ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit  26.09 
 
 
320 aa  53.5  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.149259  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4293  hypothetical protein  23.08 
 
 
347 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  22.96 
 
 
345 aa  53.5  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 
320 aa  53.5  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4406  hypothetical protein  23.08 
 
 
347 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  22.7 
 
 
321 aa  53.1  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4408  hypothetical protein  23.08 
 
 
347 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  29.23 
 
 
324 aa  53.1  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4323  hypothetical protein  23.08 
 
 
347 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  25.11 
 
 
312 aa  52.4  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.2 
 
 
333 aa  52.8  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  24.53 
 
 
289 aa  52.4  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.98 
 
 
335 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.200483  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5319  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.93 
 
 
315 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0693893  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.16 
 
 
311 aa  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1533  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.37 
 
 
378 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0868667  normal  0.874786 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0656  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.08 
 
 
326 aa  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  25.17 
 
 
319 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.54 
 
 
301 aa  50.8  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  27.78 
 
 
319 aa  51.2  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  25.74 
 
 
292 aa  50.8  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.51 
 
 
322 aa  50.4  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.3 
 
 
328 aa  50.8  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.5 
 
 
310 aa  50.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  27.78 
 
 
310 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.81 
 
 
310 aa  50.4  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.43 
 
 
318 aa  50.1  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1598  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  22.6 
 
 
340 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  25.86 
 
 
319 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01473  AI2 transporter  22.34 
 
 
340 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  25.77 
 
 
296 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2130  putative sugar transport protein  22.34 
 
 
340 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.81 
 
 
321 aa  48.9  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01484  hypothetical protein  22.34 
 
 
340 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2129  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  22.34 
 
 
340 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1601  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25 
 
 
345 aa  49.3  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4908  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.18 
 
 
320 aa  48.9  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  25.77 
 
 
296 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  25.77 
 
 
294 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  25.77 
 
 
294 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2142  sugar ABC transporter periplasmic subunit  22.34 
 
 
340 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  25.77 
 
 
296 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1656  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  22.34 
 
 
340 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.915818  normal  0.792021 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  25.77 
 
 
296 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  25.77 
 
 
296 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0858  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  27.72 
 
 
315 aa  48.5  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.617839  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  27.01 
 
 
327 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.65 
 
 
314 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  25.94 
 
 
296 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.66 
 
 
320 aa  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3524  autoinducer AI-2 ABC transporter, periplasmic AI-2-binding protein  24 
 
 
339 aa  47.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0861  autoinducer AI-2 ABC transporter periplasmic AI-2-binding protein  24 
 
 
339 aa  47.8  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3653  autoinducer AI-2 ABC transporter, periplasmic AI-2-binding protein  24 
 
 
339 aa  47.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.27 
 
 
343 aa  47.4  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.37 
 
 
329 aa  47.4  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1919  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.39 
 
 
364 aa  47  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.78 
 
 
330 aa  47  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3274  putative ABC transporter, periplasmic-binding protein y4mI-like protein  26.43 
 
 
329 aa  46.6  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.501296  normal  0.467676 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>