152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0517 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0517  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  100 
 
 
346 aa  695    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4828  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  75.08 
 
 
347 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0277486  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5886  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  75.08 
 
 
346 aa  489  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.651755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2340  ABC transporter binding protein  59.12 
 
 
351 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0518238  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1256  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.88 
 
 
356 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.307544  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6576  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.88 
 
 
356 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807047  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6181  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.57 
 
 
356 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.391334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2579  ABC transporter substrate-binding protein  54.65 
 
 
344 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.090256 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.31 
 
 
348 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32007 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6148  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  55.38 
 
 
348 aa  358  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0762309  hitchhiker  0.00309202 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5162  ABC transporter binding protein  57.52 
 
 
348 aa  343  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2580  ABC transporter substrate-binding protein  48.9 
 
 
345 aa  309  5e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0840198 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5159  ABC transporter binding protein  52.92 
 
 
347 aa  296  3e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.535798  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0404  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  42.9 
 
 
368 aa  251  9.000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.09 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0665  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.92 
 
 
370 aa  162  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0661  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.92 
 
 
370 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0845  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 
381 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0909  methylthioribose-binding protein  31.97 
 
 
370 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1193  hypothetical protein  36.07 
 
 
357 aa  156  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3048  hypothetical protein  34.08 
 
 
358 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1283  hypothetical protein  34.08 
 
 
358 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.81326  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1137  hypothetical protein  34.08 
 
 
354 aa  152  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2876  hypothetical protein  35.4 
 
 
358 aa  149  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2457  hypothetical protein  32.37 
 
 
358 aa  143  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3029  hypothetical protein  32.37 
 
 
358 aa  143  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000284319  normal  0.0136248 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2370  hypothetical protein  32.15 
 
 
357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2556  putative sugar ABC transporter  32.05 
 
 
358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.56 
 
 
354 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.00000233808  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.46 
 
 
350 aa  68.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.37 
 
 
311 aa  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.71 
 
 
318 aa  63.9  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  25.15 
 
 
322 aa  61.6  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  28.28 
 
 
289 aa  60.5  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  27.78 
 
 
319 aa  59.3  0.00000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 
321 aa  59.3  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1919  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.87 
 
 
364 aa  59.3  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  30.93 
 
 
331 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  26.46 
 
 
308 aa  56.6  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  26.2 
 
 
341 aa  55.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  25.93 
 
 
295 aa  54.7  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  25.88 
 
 
300 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.83 
 
 
316 aa  55.1  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.07 
 
 
320 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.9 
 
 
328 aa  53.9  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131793  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  30.19 
 
 
324 aa  53.9  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  27.92 
 
 
313 aa  53.5  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.54 
 
 
294 aa  53.5  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.52 
 
 
345 aa  53.5  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.68 
 
 
306 aa  53.5  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.51 
 
 
349 aa  53.1  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  25.9 
 
 
307 aa  53.5  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.86 
 
 
317 aa  53.1  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  25.47 
 
 
319 aa  52.8  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.78 
 
 
313 aa  52.8  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4615  secreted solute binding protein  37.37 
 
 
335 aa  52.4  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  25.72 
 
 
310 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.72 
 
 
310 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.24 
 
 
335 aa  51.2  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.200483  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.13 
 
 
328 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 
313 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0125  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.76 
 
 
339 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.512688 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.05 
 
 
319 aa  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0656  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.92 
 
 
326 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
338 aa  51.2  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.08 
 
 
343 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 
347 aa  50.8  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.18 
 
 
308 aa  51.2  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.75 
 
 
323 aa  50.4  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.75 
 
 
323 aa  50.4  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  28.3 
 
 
315 aa  50.4  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4537  sugar ABC transporter  26.42 
 
 
337 aa  50.1  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0234  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.23 
 
 
345 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.594018 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5809  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  24.08 
 
 
331 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.84 
 
 
313 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  28.38 
 
 
327 aa  50.1  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.5 
 
 
335 aa  49.7  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.91 
 
 
339 aa  49.7  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.986111  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.92 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.67 
 
 
326 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.99678 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.87 
 
 
315 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  23.51 
 
 
345 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.49 
 
 
338 aa  49.3  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.18 
 
 
343 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.4 
 
 
348 aa  48.1  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.42 
 
 
310 aa  48.5  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.54 
 
 
329 aa  48.5  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.66 
 
 
341 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0193785  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0069  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 
343 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
292 aa  48.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.87 
 
 
313 aa  47.8  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5241  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.08 
 
 
316 aa  47.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.635479 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.5 
 
 
318 aa  47.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  26.14 
 
 
307 aa  47.8  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.72 
 
 
306 aa  47.8  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.310763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  24.32 
 
 
329 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2758  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  24.78 
 
 
342 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.904203  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0990  ABC sugar transporter, periplasmic sugar binding subunit  24.58 
 
 
340 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.95 
 
 
318 aa  47.4  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2650  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.58 
 
 
340 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>