68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1581 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1581  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 		 350 aa  712    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00316739  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0222  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.52 
 
 		 324 aa  135  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.57 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.76 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1208  sugar binding protein of ABC transporter  25.68 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0308996  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.64 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.68 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6155  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  22.87 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424251 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.33 
 
 		 323 aa  62.4  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.33 
 
 		 323 aa  62.4  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1963  sugar ABC transporter substrate-binding protein  22.75 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.2 
 
 		 348 aa  60.1  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  41.56 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4599  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  23.14 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.841849 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  38.67 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.81 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.03 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4006  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.64 
 
 		 327 aa  55.8  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.31 
 
 		 349 aa  55.8  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 343 aa  55.8  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.53 
 
 		 311 aa  54.7  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 934 aa  53.9  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0393  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  24.54 
 
 		 321 aa  52.4  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1051  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  24.62 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.28211  normal  0.0668071 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1691  sugar ABC transporter  32.14 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126828  normal  0.746229 
 
 
-
 
NC_004310  BR1342  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.33 
 
 		 309 aa  50.8  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0778  ribose ABC transporter periplasmic-binding protein  22.08 
 
 		 353 aa  50.4  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.481404  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2410  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 		 310 aa  50.4  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.372916 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  30.28 
 
 		 331 aa  49.7  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 		 311 aa  49.3  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.23 
 
 		 313 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.91 
 
 		 316 aa  49.3  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1806  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 		 333 aa  48.1  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.599386 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.43 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  26.72 
 
 		 345 aa  47.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2690  sugar ABC transporter  26.79 
 
 		 341 aa  47  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6100  carbohydrate binding protein  26.29 
 
 		 345 aa  47  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.207702  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  33.33 
 
 		 330 aa  46.6  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2471  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  46.6  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.43 
 
 		 328 aa  46.2  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2594  putative periplasmic binding ABC transporter protein  24.14 
 
 		 332 aa  45.4  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.693301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.68 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3430  ABC transporter binding protein  31.08 
 
 		 316 aa  45.8  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0397056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1601  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.85 
 
 		 345 aa  46.2  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.84 
 
 		 333 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.86065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  22.62 
 
 		 350 aa  45.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.28 
 
 		 342 aa  44.7  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0104  hypothetical protein  20.14 
 
 		 324 aa  45.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  28.03 
 
 		 324 aa  44.3  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4537  sugar ABC transporter  30.28 
 
 		 337 aa  44.3  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0686  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20 
 
 		 307 aa  44.3  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.33 
 
 		 319 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.86 
 
 		 312 aa  43.9  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 		 335 aa  43.9  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.200483  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4172  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.09 
 
 		 312 aa  43.9  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333211 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0830  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.04 
 
 		 314 aa  43.9  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.84032  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.94 
 
 		 343 aa  43.5  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1853  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 339 aa  43.5  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 351 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  29 
 
 		 337 aa  43.1  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  25 
 
 		 313 aa  43.1  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6266  rhamnose ABC transporter rhamnose-binding protein  22.84 
 
 		 331 aa  42.7  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.569594  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 		 1681 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 		 1681 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  28.04 
 
 		 327 aa  42.7  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.79 
 
 		 331 aa  42.7  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.990637  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 351 aa  42.7  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3131  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 		 314 aa  42.7  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>