68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3870 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3870  uncharacterized ABC-type transport system permease protein  100 
 
 		 212 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1827  exopolysaccharide synthesis, ExoD  50 
 
 		 227 aa  209  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2869  exopolysaccharide synthesis, ExoD  51.53 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3452  Exopolysaccharide synthesis ExoD  56.32 
 
 		 219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3754  Exopolysaccharide synthesis ExoD  56.28 
 
 		 189 aa  194  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2945  exopolysaccharide synthesis, ExoD  50.98 
 
 		 251 aa  169  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0152237  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0151  exopolysaccharide synthesis protein ExoD-related protein  37.63 
 
 		 218 aa  135  5e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0307  exopolysaccharide synthesis, ExoD  32.67 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4269  exopolysaccharide synthesis ExoD  36.84 
 
 		 200 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.528198  decreased coverage  0.0088823 
 
 
-
 
NC_002978  WD0150  exopolysaccharide synthesis protein ExoD-related protein  36.78 
 
 		 218 aa  124  8.000000000000001e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4959  exopolysaccharide synthesis ExoD  36.73 
 
 		 203 aa  124  9e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.938152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0769  exopolysaccharide synthesis protein  32.35 
 
 		 209 aa  122  3e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0140556  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1428  exopolysaccharide synthesis protein ExoD  36.16 
 
 		 200 aa  115  5e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1368  exopolysaccharide synthesis protein  36.16 
 
 		 200 aa  115  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0481317  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2728  Exopolysaccharide synthesis ExoD  35.86 
 
 		 205 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0212409 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1096  hypothetical protein  36.88 
 
 		 200 aa  112  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1099  hypothetical protein  35.43 
 
 		 200 aa  111  9e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1479  exopolysaccharide synthesis ExoD  34.76 
 
 		 203 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.438541  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4283  hypothetical protein  57.73 
 
 		 142 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1302  exopolysaccharide synthesis, ExoD  35.91 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2195  exopolysaccharide synthesis ExoD  38.55 
 
 		 202 aa  103  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4382  Exopolysaccharide synthesis ExoD  35.8 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0680521 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0209  exopolysaccharide synthesis protein  31.67 
 
 		 198 aa  98.6  7e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.742112  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1027  Exopolysaccharide synthesis ExoD  35.15 
 
 		 220 aa  96.7  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2415  Exopolysaccharide synthesis ExoD  33.9 
 
 		 207 aa  91.3  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2365  Exopolysaccharide synthesis ExoD  33.9 
 
 		 207 aa  91.3  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0369  exopolysaccharide synthesis, ExoD  32.97 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2622  exopolysaccharide synthesis, ExoD  33.51 
 
 		 208 aa  88.2  9e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.512151  normal  0.293711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1758  Exopolysaccharide synthesis ExoD  35.92 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01796  Exopolysaccharide synthesis, ExoD  31.87 
 
 		 191 aa  85.9  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0457786  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5451  exopolysaccharide synthesis ExoD  35.14 
 
 		 259 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.170697 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2346  exopolysaccharide synthesis, ExoD  29.44 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3786  Exopolysaccharide synthesis ExoD  29.13 
 
 		 220 aa  80.9  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232502  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0979  Exopolysaccharide synthesis ExoD  35.62 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1193  Exopolysaccharide synthesis ExoD  35 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2841  Exopolysaccharide synthesis ExoD  30.69 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.61734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1063  exopolysaccharide synthesis ExoD  35.06 
 
 		 198 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.0691712 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0922  Exopolysaccharide synthesis ExoD  31.75 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.93119e-33 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1022  exopolysaccharide synthesis, ExoD  30.59 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0915242 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3324  Exopolysaccharide synthesis ExoD  31.22 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.183092  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1687  exopolysaccharide synthesis ExoD  30.96 
 
 		 313 aa  72  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.882846 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5009  exoD protein  32.16 
 
 		 212 aa  72  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4949  Exopolysaccharide synthesis ExoD  28 
 
 		 198 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.811076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5628  exopolysaccharide synthesis ExoD  36.36 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411355  normal  0.038562 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4613  exopolysaccharide synthesis, ExoD  29.23 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2718  exopolysaccharide synthesis, ExoD  28.16 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3473  exopolysaccharide synthesis ExoD  27.84 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1981  ABC transporter permease  28.05 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.328917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4288  exopolysaccharide synthesis protein, putative  27.66 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5360  hypothetical protein  25.93 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.290755  hitchhiker  0.00309893 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4082  hypothetical protein  30.98 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.269354  normal  0.0311141 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00184  ExoD protein  31.95 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.358269  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1440  Exopolysaccharide synthesis ExoD  34.42 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2731  exopolysaccharide synthesis, ExoD  38.92 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176932  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1242  Exopolysaccharide synthesis ExoD  31.21 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1212  Exopolysaccharide synthesis ExoD  31.21 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3868  molybdate ABC transporter inner membrane protein  29.51 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175484  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2814  exopolysaccharide synthesis, ExoD  26.99 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4172  exopolysaccharide synthesis, ExoD  28.96 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.000786793  normal  0.185707 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2501  exopolysaccharide synthesis, ExoD  26.38 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116546  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1256  exopolysaccharide synthesis ExoD  25.81 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0776833  normal  0.796011 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3669  exopolysaccharide synthesis ExoD  26.94 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.715246  hitchhiker  0.0000593914 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1715  uncharacterized ABC-type transport system permease component-like protein  29.56 
 
 		 177 aa  52  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0863  exopolysaccharide synthesis ExoD  30.22 
 
 		 233 aa  49.7  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6438  exopolysaccharide synthesis ExoD  27.49 
 
 		 223 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01278  probable exopolysaccharide synthesis protein  25.27 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.183403  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2866  Exopolysaccharide synthesis ExoD  29.11 
 
 		 223 aa  45.4  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4900  exopolysaccharide synthesis ExoD  25 
 
 		 208 aa  41.6  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.1432  normal  0.877879 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>