5177 genes were found for organism Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 52    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Pden_0001  CDS  NC_008686  170  616  +  447  hypothetical protein  YP_913814  hitchhiker  0.0000267059  normal  0.819337  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0002  CDS  NC_008686  709  2013  +  1305  transcription termination factor Rho  YP_913815  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0003  CDS  NC_008686  2030  3289  +  1260  tRNA modification GTPase TrmE  YP_913816  normal  0.398511  normal  0.940122  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0004  CDS  NC_008686  3298  5157  +  1860  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  YP_913817  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0005  CDS  NC_008686  5157  5738  +  582  methyltransferase GidB  YP_913818  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0006  CDS  NC_008686  5731  6507  +  777  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_913819  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0007  CDS  NC_008686  6517  7395  +  879  parB-like partition proteins  YP_913820  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0008  CDS  NC_008686  7526  8065  -  540  GrpE protein  YP_913821  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0009  CDS  NC_008686  8073  9128  -  1056  heat-inducible transcription repressor  YP_913822  normal  0.341671  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0010  CDS  NC_008686  9211  9936  +  726  ribonuclease PH  YP_913823  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0011  CDS  NC_008686  9924  10529  +  606  putative deoxyribonucleotide triphosphate pyrophosphatase  YP_913824  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0012  CDS  NC_008686  10522  10896  +  375  endoribonuclease L-PSP  YP_913825  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0013  CDS  NC_008686  10905  12089  +  1185  coproporphyrinogen III oxidase  YP_913826  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0014  CDS  NC_008686  12091  12444  +  354  hypothetical protein  YP_913827  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0015  CDS  NC_008686  12535  13119  +  585  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  YP_913828  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0016  CDS  NC_008686  13223  14350  +  1128  alcohol dehydrogenase  YP_913829  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0017  CDS  NC_008686  14426  15061  +  636  endopeptidase Clp  YP_913830  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0018  CDS  NC_008686  15058  15579  +  522  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_913831  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0019  CDS  NC_008686  15576  16415  +  840  carboxylesterase  YP_913832  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0020  CDS  NC_008686  16615  18417  +  1803  Pyrrolo-quinoline quinone  YP_913833  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0021  CDS  NC_008686  18519  19199  +  681  hypothetical protein  YP_913834  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0022  CDS  NC_008686  19196  20008  +  813  extracellular solute-binding protein  YP_913835  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0023  CDS  NC_008686  20005  20535  +  531  rhodanese  YP_913836  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0024  CDS  NC_008686  20567  21118  -  552  hypothetical protein  YP_913837  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0025  CDS  NC_008686  21122  21679  -  558  hypothetical protein  YP_913838  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0026  CDS  NC_008686  21795  22982  +  1188  hypothetical protein  YP_913839  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0027  CDS  NC_008686  22991  23962  +  972  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  YP_913840  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0028  CDS  NC_008686  23986  24555  +  570  hypothetical protein  YP_913841  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0029  CDS  NC_008686  24593  25312  +  720  ABC transporter related  YP_913842  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0030  CDS  NC_008686  25309  26127  +  819  ABC-2 type transporter  YP_913843  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0031  CDS  NC_008686  26124  26714  +  591  hypothetical protein  YP_913844  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0032  CDS  NC_008686  26711  27313  +  603  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A  YP_913845  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0033  CDS  NC_008686  27310  28041  -  732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_913846  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0034  CDS  NC_008686  28038  28796  -  759  ABC transporter related  YP_913847  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0035  CDS  NC_008686  28793  29467  -  675  TenA family transcription regulator  YP_913848  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0036  CDS  NC_008686  29464  30435  -  972  NlpA lipoprotein  YP_913849  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0037  CDS  NC_008686  30432  31394  -  963  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  YP_913850  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0038  CDS  NC_008686  31391  31987  -  597  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  YP_913851  normal  0.539865  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0039  CDS  NC_008686  31984  32748  -  765  thiazole synthase  YP_913852  normal  0.138828  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0040  CDS  NC_008686  32750  32947  -  198  thiamine biosynthesis protein ThiS  YP_913853  normal  0.12194  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0041  CDS  NC_008686  32931  33908  -  978  FAD dependent oxidoreductase  YP_913854  normal  0.161257  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0042  CDS  NC_008686  33905  34759  -  855  phosphomethylpyrimidine kinase  YP_913855  normal  0.0834315  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0043  CDS  NC_008686  35028  35630  +  603  HAD family hydrolase  YP_913856  normal  0.237358  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0044  CDS  NC_008686  35726  36292  +  567  hypothetical protein  YP_913857  normal  0.421013  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0045  CDS  NC_008686  36357  36791  -  435  3-dehydroquinate dehydratase, type II  YP_913858  normal  0.152368  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0046  CDS  NC_008686  36818  37519  -  702  two component transcriptional regulator  YP_913859  normal  0.214766  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0047  CDS  NC_008686  37512  39392  -  1881  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  YP_913860  normal  0.928233  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0048  CDS  NC_008686  39505  41481  +  1977  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_913861  normal  1  normal  0.760787  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0049  CDS  NC_008686  41478  42287  +  810  ABC transporter related  YP_913862  normal  1  normal  0.643651  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0050  CDS  NC_008686  42298  43278  +  981  inner-membrane translocator  YP_913863  normal  1  normal  0.681115  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0051  CDS  NC_008686  43354  44460  +  1107  inner-membrane translocator  YP_913864  normal  1  normal  0.702732  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0052  CDS  NC_008686  44505  45785  +  1281  Fis family transcriptional regulator  YP_913865  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0053  CDS  NC_008686  45839  46663  +  825  ABC transporter related  YP_913866  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0054  CDS  NC_008686  46682  47899  +  1218  phenylacetate-CoA ligase, putative  YP_913867  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0055  CDS  NC_008686  48379  48504  -  126  ribosomal protein L36  YP_913868  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0056  CDS  NC_008686  48847  49710  +  864  N-formylglutamate amidohydrolase  YP_913869  normal  0.4135  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0057  CDS  NC_008686  49729  50616  +  888  band 7 protein  YP_913870  normal  0.373876  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0058  CDS  NC_008686  50750  51301  +  552  NUDIX hydrolase  YP_913871  normal  0.993982  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0059  CDS  NC_008686  51353  51982  +  630  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_913872  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0060  CDS  NC_008686  51983  52687  -  705  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_913873  normal  0.914028  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0061  CDS  NC_008686  52790  53563  +  774  hypothetical protein  YP_913874  normal  0.484003  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0062  CDS  NC_008686  53670  56297  +  2628  ATPase  YP_913875  normal  0.294718  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0063  CDS  NC_008686  56428  57324  +  897  putative sulfite oxidase subunit YedY  YP_913876  normal  0.0824415  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0064  CDS  NC_008686  57324  57950  +  627  ferric reductase domain-containing protein  YP_913877  normal  0.39119  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0065  CDS  NC_008686  57925  58224  +  300  hypothetical protein  YP_913878  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0066  CDS  NC_008686  64006  64503  -  498  hypothetical protein  YP_913879  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0067  CDS  NC_008686  64712  65059  +  348  IS66 Orf2 family protein  YP_913880  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0068  CDS  NC_008686  65122  66750  +  1629  transposase IS66  YP_913881  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0069  CDS  NC_008686  66750  67046  +  297  hypothetical protein  YP_913882  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0070  CDS  NC_008686  67024  67266  -  243  hypothetical protein  YP_913883  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0071  CDS  NC_008686  67303  67578  +  276  hypothetical protein  YP_913884  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0072  CDS  NC_008686  67679  69196  +  1518  CHAD domain-containing protein  YP_913885  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0073  CDS  NC_008686  69196  69945  +  750  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_913886  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0074  CDS  NC_008686  69942  70397  +  456  adenylate cyclase  YP_913887  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0075  CDS  NC_008686  70419  70706  -  288  hypothetical protein  YP_913888  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0076  CDS  NC_008686  70813  71199  -  387  hypothetical protein  YP_913889  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0077  CDS  NC_008686  71248  71667  +  420  transposase  YP_913890  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0078  CDS  NC_008686  71795  72022  +  228  putative transposase  YP_913891  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0079  CDS  NC_008686  72151  72867  +  717  two component transcriptional regulator  YP_913892  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0080  CDS  NC_008686  72869  75208  +  2340  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  YP_913893  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0081  CDS  NC_008686  75555  77324  +  1770  regulatory protein, LuxR  YP_913894  normal  0.318865  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0082  CDS  NC_008686  77426  77737  +  312  hypothetical protein  YP_913895  normal  0.400542  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0083  CDS  NC_008686  77791  78135  -  345  hypothetical protein  YP_913896  normal  0.282706  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0084  CDS  NC_008686  78314  78568  +  255  hypothetical protein  YP_913897  normal  0.476638  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0085  CDS  NC_008686  79049  79255  +  207  hypothetical protein  YP_913898  normal  0.114871  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0086  CDS  NC_008686  79239  79514  +  276  hypothetical protein  YP_913899  normal  0.140449  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0087  CDS  NC_008686  79557  80267  +  711  acylneuraminate cytidylyltransferase  YP_913900  normal  0.770014  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0088  CDS  NC_008686  80264  81310  +  1047  flagellin modification protein FlmD  YP_913901  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0089  CDS  NC_008686  81485  82816  +  1332  hypothetical protein  YP_913902  normal  0.685603  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0090  CDS  NC_008686  82819  83619  +  801  hypothetical protein  YP_913903  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0091  CDS  NC_008686  83710  84885  -  1176  hypothetical protein  YP_913904  normal  1  normal  1  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0092  CDS  NC_008686  85055  86716  -  1662  hypothetical protein  YP_913905  normal  1  normal  0.415659  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0093  CDS  NC_008686  86854  87855  -  1002  polysaccharide biosynthesis protein CapD  YP_913906  normal  1  normal  0.403582  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0094  CDS  NC_008686  88201  88311  -  111  transposase IS116/IS110/IS902  YP_913907  normal  1  normal  0.36789  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0095  CDS  NC_008686  88450  89019  -  570  resolvase domain-containing protein  YP_913908  normal  1  normal  0.386301  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0096  CDS  NC_008686  89344  89625  +  282  hypothetical protein  YP_913909  normal  1  normal  0.376521  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0097  CDS  NC_008686  89793  90434  -  642  hypothetical protein  YP_913910  normal  1  normal  0.405625  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0098  CDS  NC_008686  90443  90688  -  246  conjugal transfer TraD family protein  YP_913911  normal  1  normal  0.358266  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0099  CDS  NC_008686  90690  91028  -  339  hypothetical protein  YP_913912  normal  1  normal  0.356706  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Pden_0100  CDS  NC_008686  91189  94185  +  2997  conjugal transfer relaxase TraA  YP_913913  normal  1  normal  0.160086  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 52    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>