129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0014 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0014  hypothetical protein  100 
 
 		 117 aa  225  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1226  hypothetical protein  48.28 
 
 		 117 aa  98.2  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3311  protein of unknown function DUF454  43.59 
 
 		 155 aa  97.4  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.639511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2886  hypothetical protein  47.41 
 
 		 117 aa  97.1  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2662  hypothetical protein  43.97 
 
 		 117 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.111296  normal  0.437661 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2610  hypothetical protein  45.76 
 
 		 142 aa  87.8  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.287981 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3917  hypothetical protein  40.68 
 
 		 120 aa  87  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0768247  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2502  hypothetical protein  41.59 
 
 		 152 aa  87  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1165  hypothetical protein  50.6 
 
 		 116 aa  86.3  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0292  hypothetical protein  46.02 
 
 		 119 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.176418 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2688  hypothetical protein  43.44 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2052  hypothetical protein  42.74 
 
 		 178 aa  84.7  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0987297  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2137  hypothetical protein  42.61 
 
 		 116 aa  84.3  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.887096  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0773  hypothetical protein  39.32 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1115  hypothetical protein  42.98 
 
 		 129 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.242011 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3232  hypothetical protein  42.37 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.34095  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2522  hypothetical protein  40.87 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3459  protein of unknown function DUF454 transmembrane  38.79 
 
 		 117 aa  80.1  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4518  hypothetical protein  45.56 
 
 		 121 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.359562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3740  hypothetical protein  44.68 
 
 		 137 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.468258  normal  0.0114181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4024  hypothetical protein  45.56 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3807  hypothetical protein  45.56 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253442  hitchhiker  0.00000298507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1466  hypothetical protein  44.44 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3103  hypothetical protein  42.74 
 
 		 137 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.362417  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1520  hypothetical protein  53.42 
 
 		 143 aa  76.6  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.757291  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1810  hypothetical protein  44.44 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3890  hypothetical protein  44.68 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.482598  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1393  hypothetical protein  44.44 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1925  hypothetical protein  42.7 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.946334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45850  hypothetical protein  45.56 
 
 		 135 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1355  hypothetical protein  41.07 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0570  hypothetical protein  37.08 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000137123  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00419  conserved inner membrane protein  40 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0145391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3142  protein of unknown function DUF454  40 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0034209  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0545  hypothetical protein  40 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0504  hypothetical protein  40 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0827221  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00424  hypothetical protein  40 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0180358  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3148  hypothetical protein  40 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.102596  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0511  hypothetical protein  40 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000222622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0267  hypothetical protein  41.38 
 
 		 122 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1642  hypothetical protein  43.33 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.96968  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3072  hypothetical protein  36.94 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0894433  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0558  hypothetical protein  39.05 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3478  protein of unknown function DUF454  33.06 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.545002 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2579  hypothetical protein  38.26 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4506  hypothetical protein  39.5 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1454  hypothetical protein  31.9 
 
 		 165 aa  67.8  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0600527 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4416  hypothetical protein  35.65 
 
 		 159 aa  67  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.799687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1282  hypothetical protein  44.3 
 
 		 152 aa  66.6  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4381  hypothetical protein  44.3 
 
 		 131 aa  66.6  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1308  hypothetical protein  41.38 
 
 		 123 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.060954  normal  0.0507678 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03399  hypothetical protein  43.75 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0221  hypothetical protein  38.02 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1817  hypothetical protein  49.53 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1578  protein of unknown function DUF454  40.52 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4220  hypothetical protein  37.61 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1791  hypothetical protein  36.44 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.379134  hitchhiker  0.00000106844 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1103  hypothetical protein  44.3 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.827298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2850  protein of unknown function DUF454  38.75 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000168142  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2296  hypothetical protein  39.66 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.656544  normal  0.0252392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1003  hypothetical protein  36.75 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1041  hypothetical protein  35.9 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.667092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0553  protein of unknown function DUF454  37.5 
 
 		 152 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0557  protein of unknown function DUF454  37.5 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0642321  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0524  hypothetical protein  37.5 
 
 		 155 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.286047  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1004  hypothetical protein  36.94 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2869  hypothetical protein  36.21 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868079  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1701  hypothetical protein  38.37 
 
 		 181 aa  63.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0681358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0948  hypothetical protein  42.17 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3577  hypothetical protein  44.07 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4111  hypothetical protein  34.86 
 
 		 130 aa  63.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0526  hypothetical protein  42.17 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0586  hypothetical protein  42.17 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.301005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0542  hypothetical protein  42.17 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0490  protein of unknown function DUF454  36.27 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000104879  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0532  hypothetical protein  42.17 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2011  hypothetical protein  38.14 
 
 		 122 aa  62  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0750  hypothetical protein  41.33 
 
 		 158 aa  62  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2409  hypothetical protein  36.56 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000218775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2854  hypothetical protein  37.08 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.44368  hitchhiker  0.000000266441 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1363  protein of unknown function DUF454  36.25 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000761785 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04126  hypothetical protein  36.36 
 
 		 174 aa  62  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2134  hypothetical protein  32.28 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.352277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6297  protein of unknown function DUF454  40 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.932896  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0936  hypothetical protein  42.11 
 
 		 151 aa  60.8  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2936  protein of unknown function DUF454  38.46 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.252831  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4856  hypothetical protein  40.19 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.715473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0917  hypothetical protein  40.26 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140199  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2214  hypothetical protein  47.83 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.345545  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1847  hypothetical protein  30.71 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.331022  normal  0.61235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1501  hypothetical protein  39.76 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2172  hypothetical protein  41.1 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1558  protein of unknown function DUF454  44 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1924  hypothetical protein  42.47 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1530  hypothetical protein  41.57 
 
 		 164 aa  55.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.324606  normal  0.225714 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2304  hypothetical protein  46.3 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000252834  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03089  hypothetical protein  40.98 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2014  hypothetical protein  37.04 
 
 		 138 aa  52.8  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000243008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0526  hypothetical protein  41.1 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.63722  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0094  hypothetical protein  44.83 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.545096  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>