More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0093 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0093  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
333 aa  689    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.403582 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
333 aa  689    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.437109  normal  0.427053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0580  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.68 
 
 
333 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.174594  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3271  polysaccharide biosynthesis protein  72.81 
 
 
331 aa  523  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1302  polysaccharide biosynthesis protein  72.51 
 
 
331 aa  523  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.112616  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2629  polysaccharide biosynthesis protein CapD  72.34 
 
 
331 aa  518  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0609  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  71.77 
 
 
333 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.812779  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1318  polysaccharide biosynthesis protein CapD  72.84 
 
 
332 aa  511  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.914837  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  72.51 
 
 
331 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1396  polysaccharide biosynthesis protein CapD  71.6 
 
 
331 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709485  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2967  polysaccharide biosynthesis protein CapD  71.6 
 
 
331 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3560  polysaccharide biosynthesis protein CapD  71.65 
 
 
331 aa  510  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.423862 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02896  polysaccharide biosynthesis protein  70.43 
 
 
332 aa  504  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3011  polysaccharide biosynthesis protein CapD  71.52 
 
 
331 aa  501  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1193  polysaccharide biosynthesis protein CapD  68.88 
 
 
333 aa  500  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.965289  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0643  Short-chain dehydrogenase/reductase  68.2 
 
 
333 aa  489  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132994  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3711  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.57 
 
 
333 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.724189  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1518  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.06 
 
 
333 aa  477  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.280588  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3080  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.98 
 
 
332 aa  477  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1298  UDP-GlcNAc C6-dehydratase/C4-reductase  66.15 
 
 
335 aa  469  1.0000000000000001e-131  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0429  polysaccharide biosynthesis protein  66.56 
 
 
334 aa  464  9.999999999999999e-131  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2208  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
329 aa  463  1e-129  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0535487  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0560  polysaccharide biosynthesis protein  66.06 
 
 
328 aa  457  9.999999999999999e-129  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1485  polysaccharide biosynthesis protein  65.95 
 
 
334 aa  460  9.999999999999999e-129  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.317262  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  67.59 
 
 
333 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.122561  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1310  polysaccharide biosynthesis protein  65.03 
 
 
334 aa  457  1e-127  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.573218  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1633  FlmA  64.91 
 
 
331 aa  445  1.0000000000000001e-124  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4634  polysaccharide biosynthesis protein CapD  58.23 
 
 
344 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2409  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.65 
 
 
344 aa  393  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.551754  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2322  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.54 
 
 
332 aa  385  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0743791 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1957  polysaccharide biosynthesis protein CapD  59.01 
 
 
357 aa  386  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.540068  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1142  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  58.84 
 
 
356 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2766  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase; UDP-4-dehydro-6-deoxy-2-acetamido-D-glucose 4-reductase  57.83 
 
 
338 aa  372  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.881567  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4262  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  58.72 
 
 
338 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.404826 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01570  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  54.55 
 
 
327 aa  372  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0782999 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0458  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.1 
 
 
342 aa  368  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2421  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.01 
 
 
340 aa  370  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.746498  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0653  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.49 
 
 
332 aa  367  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0235558  normal  0.660633 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.55 
 
 
350 aa  367  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3032  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  55.45 
 
 
332 aa  365  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1199  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.32 
 
 
327 aa  361  8e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.530201 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.29 
 
 
337 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00862014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2092  polysaccharide biosynthesis protein  55.79 
 
 
337 aa  353  2.9999999999999997e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.61 
 
 
325 aa  349  3e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3947  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.74 
 
 
340 aa  348  8e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.689942  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.15 
 
 
326 aa  344  1e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.196445  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13073  capsular polysaccharide biosynthesis protein  53.68 
 
 
336 aa  340  2e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0101  capsular polysaccharide biosynthesis protein  50.76 
 
 
339 aa  318  9e-86  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0202415  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.61 
 
 
343 aa  265  1e-69  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.43 
 
 
328 aa  263  3e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1591  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.11 
 
 
344 aa  262  4.999999999999999e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0146  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.71 
 
 
329 aa  259  4e-68  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000000342824 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0227  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.99 
 
 
337 aa  259  4e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.377971  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0139  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.24 
 
 
342 aa  257  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0144  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.24 
 
 
342 aa  257  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1447  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  47.04 
 
 
328 aa  255  8e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193449 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3851  FlmA  45.99 
 
 
328 aa  252  7e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.67 
 
 
330 aa  249  4e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0147  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.49 
 
 
340 aa  248  9e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.886918  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.33 
 
 
335 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2232  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.22 
 
 
332 aa  247  3e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1373  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.33 
 
 
344 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45387  hitchhiker  0.00458395 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2246  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  44.08 
 
 
336 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3715  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.32 
 
 
344 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.722931  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1621  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.64 
 
 
338 aa  240  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.39 
 
 
336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0201234  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1660  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.86 
 
 
350 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3511  UDP-glucose 4-epimerase  42.6 
 
 
336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000024389 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1283  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.82 
 
 
350 aa  237  2e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0748  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.19 
 
 
336 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1980  polysaccharide biosynthesis protein  40.6 
 
 
344 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.74 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000749249  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.34 
 
 
345 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0141626  normal  0.282035 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5444  FlmA  42.73 
 
 
345 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.91 
 
 
340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1471  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.07 
 
 
341 aa  233  5e-60  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1109  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.16 
 
 
341 aa  232  7.000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1872  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.59 
 
 
336 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0528646  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.72 
 
 
348 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1718  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.88 
 
 
341 aa  231  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.910405  hitchhiker  0.0000000304233 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3026  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.57 
 
 
350 aa  229  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3033  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.46 
 
 
340 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0789  fused dTDP-4-dehydrorhamnose reductase and 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.52 
 
 
345 aa  229  7e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468733  hitchhiker  0.00205032 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0726  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  40.48 
 
 
337 aa  226  3e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2184  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.61 
 
 
404 aa  218  7.999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4310  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.76 
 
 
344 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1672  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.52 
 
 
346 aa  216  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1302  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.75 
 
 
355 aa  215  9e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.454328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4586  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.11 
 
 
348 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.789975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4753  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.72 
 
 
345 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.447789  normal  0.0884742 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.94 
 
 
340 aa  212  7.999999999999999e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.201229  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18620  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  42.03 
 
 
342 aa  212  7.999999999999999e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436748  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2741  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.92 
 
 
355 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0020  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.14 
 
 
353 aa  199  6e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0761  UDP-glucose 4-epimerase  39.94 
 
 
348 aa  198  9e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.49 
 
 
335 aa  191  2e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000592797 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.31 
 
 
607 aa  168  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.27 
 
 
613 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.92 
 
 
680 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.9 
 
 
614 aa  159  6e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>