More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0488 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
148 aa  302  9.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  63.82 
 
 
152 aa  204  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  65.73 
 
 
143 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  63.38 
 
 
145 aa  196  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  67.88 
 
 
149 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  67.15 
 
 
149 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  64.03 
 
 
143 aa  194  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  66.42 
 
 
149 aa  194  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  61.54 
 
 
145 aa  192  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  62.94 
 
 
143 aa  191  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  64.79 
 
 
157 aa  190  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  63.64 
 
 
143 aa  189  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  61.15 
 
 
142 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  61.15 
 
 
143 aa  181  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  55.8 
 
 
142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  56.39 
 
 
145 aa  161  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  50.72 
 
 
146 aa  159  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  53.19 
 
 
144 aa  149  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  52.08 
 
 
144 aa  148  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  52.08 
 
 
144 aa  148  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  51.88 
 
 
147 aa  147  6e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  55.91 
 
 
151 aa  146  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  52.31 
 
 
147 aa  146  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  47.83 
 
 
145 aa  144  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  49.28 
 
 
144 aa  143  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  50.36 
 
 
151 aa  142  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  48.18 
 
 
144 aa  139  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  49.24 
 
 
149 aa  138  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  45.11 
 
 
158 aa  136  8.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  47.01 
 
 
145 aa  133  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  57.02 
 
 
141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  50 
 
 
141 aa  131  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  48.85 
 
 
141 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  43.8 
 
 
139 aa  107  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  42.19 
 
 
692 aa  85.5  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  37.5 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
494 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 
515 aa  74.7  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.28 
 
 
398 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  31.82 
 
 
965 aa  73.9  0.0000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 
501 aa  72.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
484 aa  72.8  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
511 aa  72.4  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  36.59 
 
 
732 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 
713 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 
907 aa  70.9  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 
1721 aa  70.5  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.25 
 
 
898 aa  70.5  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
490 aa  70.5  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  31.08 
 
 
452 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  30.22 
 
 
1589 aa  69.7  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.8 
 
 
921 aa  68.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
713 aa  68.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
368 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
608 aa  67.8  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
698 aa  67.8  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
513 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.39 
 
 
1085 aa  67.4  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 
1374 aa  67.4  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  30.34 
 
 
495 aa  67  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  58.18 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.77 
 
 
821 aa  66.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  32.06 
 
 
557 aa  65.5  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
347 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
1171 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2237  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
381 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.5102  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  32.81 
 
 
746 aa  65.5  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
718 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
807 aa  65.5  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
510 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
457 aa  65.5  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0211  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
671 aa  64.7  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.143322 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2325  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
381 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.830525  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
488 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  39.53 
 
 
684 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1623  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
377 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.632325  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
499 aa  64.3  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  32.8 
 
 
947 aa  63.9  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3509  signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
439 aa  63.9  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
512 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 
630 aa  63.9  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
857 aa  63.9  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
508 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
521 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
520 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.91 
 
 
740 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 
953 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  33.81 
 
 
602 aa  63.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
1313 aa  63.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  31.16 
 
 
1969 aa  62.8  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 
1088 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
437 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.838045  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
519 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 
953 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
951 aa  62  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
510 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
515 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
979 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4175  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1083 aa  62  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>