More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4752 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  624  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4364  LysR family transcriptional regulator  61.28 
 
 		 352 aa  364  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2533  LysR family transcriptional regulator  61.08 
 
 		 340 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3318  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 327 aa  359  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5468  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 327 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722609  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4801  LysR family transcriptional regulator  60.91 
 
 		 311 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5393  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 327 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147064  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4810  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5351  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 327 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0186  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 327 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.142233 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2950  LysR family transcriptional regulator  63.37 
 
 		 336 aa  329  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.29372  normal  0.491589 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 310 aa  326  3e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1579  transcriptional regulator, LysR family  55.82 
 
 		 312 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 340 aa  185  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  180  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 292 aa  172  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 318 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.72 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 315 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 304 aa  164  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0943  putative transcriptional regulator  35.04 
 
 		 296 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 342 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.44 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.49 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5829  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.438872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  32.32 
 
 		 315 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>