More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1887 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1887  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
273 aa  537  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5771  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  79.49 
 
 
273 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2629  amino acid ABC transporter, permease protein  62.79 
 
 
262 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0506299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane permease component  68.49 
 
 
264 aa  292  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.37 
 
 
226 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1136  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.11 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.781699 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5172  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  57.34 
 
 
260 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3308  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.22 
 
 
283 aa  193  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1049  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.29 
 
 
237 aa  188  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.93 
 
 
285 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5522  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.65 
 
 
278 aa  185  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0444426  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8010  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.49 
 
 
278 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0358711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0226  amino acid ABC transporter permease  35.55 
 
 
209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.466164  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5220  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.32 
 
 
219 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2432  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.62 
 
 
279 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4040  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.46 
 
 
268 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0463  amino acid ABC transporter, permease  33.02 
 
 
217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2943  amino acid ABC transporter permease  33.18 
 
 
219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627929  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0611  amino acid ABC transporter, permease protein  32.55 
 
 
217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000123395  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.96 
 
 
221 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  35.8 
 
 
501 aa  118  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3084  glutamine/glutamate ABC transporter, permease protein  32.26 
 
 
219 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.75 
 
 
215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0162  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.22 
 
 
222 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.02 
 
 
222 aa  112  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2505  amino acid ABC transporter permease  34.26 
 
 
220 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0032626  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  32.59 
 
 
237 aa  112  9e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3297  amino acid ABC transporter permease  36.49 
 
 
223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.56 
 
 
219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.68 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.199048  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.81 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  34.8 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2696  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5538  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.42 
 
 
219 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.172396 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2777  amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 
220 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  34.03 
 
 
714 aa  109  4.0000000000000004e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.56 
 
 
216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.81 
 
 
216 aa  109  5e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2155  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.09 
 
 
234 aa  109  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.164337 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3464  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter permease protein EhuC  35.91 
 
 
219 aa  109  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5260  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.96 
 
 
219 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.571687  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  31.37 
 
 
214 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  29.58 
 
 
216 aa  108  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
219 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.37 
 
 
224 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3090  amino acid ABC transporter permease  32.43 
 
 
220 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.58 
 
 
217 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.06 
 
 
217 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2154  Beta tubulin, autoregulation binding site  32.42 
 
 
222 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2697  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.7 
 
 
221 aa  105  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4663  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30 
 
 
305 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0638635  normal  0.199282 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.4 
 
 
598 aa  104  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.54 
 
 
217 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0500  amino acid ABC transporter permease  32.09 
 
 
242 aa  104  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0911  amino acid ABC transporter permease  30.92 
 
 
265 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.312712  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.26 
 
 
214 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.04 
 
 
214 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.25 
 
 
221 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0967  amino acid ABC transporter permease  33.79 
 
 
222 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.027607  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  34.7 
 
 
215 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3103  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30 
 
 
274 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.264371  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.52 
 
 
215 aa  102  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2599  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.02 
 
 
216 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.635143  normal  0.180313 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.12 
 
 
218 aa  102  8e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.39 
 
 
233 aa  102  8e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  33.16 
 
 
219 aa  102  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.45 
 
 
513 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0396  amino acid ABC transporter permease  31.25 
 
 
277 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0688  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.98 
 
 
232 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.452276  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000215  amino acid ABC transporter permease protein  30.91 
 
 
265 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0475  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.18 
 
 
269 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.63877 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1825  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.4 
 
 
262 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0120265  normal  0.903781 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5242  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.73 
 
 
226 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.96 
 
 
219 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0894  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  27.51 
 
 
250 aa  100  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.305674  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4584  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.91 
 
 
225 aa  100  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000898191  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0998  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  27.56 
 
 
250 aa  99.8  4e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0474623  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0927  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  27.56 
 
 
250 aa  99.8  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0060542  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.28 
 
 
220 aa  99.8  5e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438499  normal  0.203188 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2744  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.66 
 
 
218 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.66 
 
 
218 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.088801  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.18 
 
 
225 aa  99  7e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.95928  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0092  amino acid ABC transporter permease  31.92 
 
 
224 aa  98.6  9e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2523  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  29.91 
 
 
308 aa  98.6  9e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  30.73 
 
 
216 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3518  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.7 
 
 
218 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00418  ABC-type amino acid transport system permease component  33.64 
 
 
246 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  26.32 
 
 
727 aa  97.4  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.84 
 
 
223 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0813  amino acid ABC transporter permease  27.06 
 
 
235 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.803947  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29470  amino acid ABC transporter membrane protein  34.25 
 
 
223 aa  97.4  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3605  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.59 
 
 
349 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0125063 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05951  ABC transporter ATP-binding/permease protein  29.55 
 
 
265 aa  97.8  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0856  amino acid ABC transporter permease  27.06 
 
 
235 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.926936  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.84 
 
 
343 aa  97.8  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00211698 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.26 
 
 
216 aa  97.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1119  ABC-type amino acid transport system, permease component  29.15 
 
 
232 aa  97.4  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.632094  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6333  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.26 
 
 
216 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200705  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>