More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0825 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  100 
 
 		 480 aa  967    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  59.79 
 
 		 496 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  59.79 
 
 		 494 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  58.47 
 
 		 485 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  58.05 
 
 		 485 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  57.2 
 
 		 485 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  56.14 
 
 		 485 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  54.55 
 
 		 494 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  54.32 
 
 		 485 aa  471  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  58.13 
 
 		 485 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  54.55 
 
 		 494 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  54.55 
 
 		 494 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  53.77 
 
 		 494 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  53.49 
 
 		 494 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  53.14 
 
 		 494 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  53.07 
 
 		 494 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  55.23 
 
 		 521 aa  457  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  53.75 
 
 		 497 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  53.75 
 
 		 546 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  53.75 
 
 		 484 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  53.75 
 
 		 484 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  53.96 
 
 		 484 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  53.75 
 
 		 484 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  53.33 
 
 		 484 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  53.89 
 
 		 497 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  53.33 
 
 		 494 aa  436  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  50.21 
 
 		 494 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  52.82 
 
 		 486 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  50 
 
 		 491 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  52.11 
 
 		 495 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  51.66 
 
 		 505 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  50.94 
 
 		 481 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  50.53 
 
 		 481 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  50 
 
 		 556 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  52.35 
 
 		 480 aa  363  3e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  45.88 
 
 		 463 aa  357  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  41.47 
 
 		 472 aa  341  2e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  48.28 
 
 		 459 aa  340  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  45.34 
 
 		 472 aa  337  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  43.21 
 
 		 477 aa  333  4e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  41.98 
 
 		 472 aa  317  3e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  45.19 
 
 		 463 aa  311  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  43.51 
 
 		 490 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  43.61 
 
 		 490 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  42.4 
 
 		 475 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  40.59 
 
 		 487 aa  289  7e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  41.4 
 
 		 466 aa  281  1e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  41.53 
 
 		 472 aa  268  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  38.85 
 
 		 479 aa  260  3e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  39.91 
 
 		 473 aa  248  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  39.2 
 
 		 473 aa  233  6e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  35.74 
 
 		 507 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  38.27 
 
 		 498 aa  227  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  37.37 
 
 		 509 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  39.27 
 
 		 522 aa  226  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  35.61 
 
 		 507 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  37.5 
 
 		 516 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  36.33 
 
 		 473 aa  224  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  36.71 
 
 		 498 aa  224  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  34.39 
 
 		 495 aa  224  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  37.28 
 
 		 516 aa  224  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  37.5 
 
 		 508 aa  220  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  36.29 
 
 		 492 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  37.28 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  35.14 
 
 		 480 aa  213  4.9999999999999996e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  37.18 
 
 		 506 aa  209  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  37.2 
 
 		 482 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  38.04 
 
 		 535 aa  207  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  34.16 
 
 		 475 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  37.05 
 
 		 477 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  39.78 
 
 		 468 aa  203  6e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  35.99 
 
 		 507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  36.69 
 
 		 477 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  36.42 
 
 		 470 aa  197  5.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  34.16 
 
 		 492 aa  196  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  36.29 
 
 		 507 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  33.47 
 
 		 495 aa  186  6e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.18 
 
 		 486 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  34.35 
 
 		 475 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  33.91 
 
 		 469 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.38 
 
 		 486 aa  184  3e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  35.91 
 
 		 461 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0697  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.01 
 
 		 505 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.3 
 
 		 463 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  36.04 
 
 		 471 aa  183  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  33.68 
 
 		 471 aa  183  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.2 
 
 		 491 aa  183  7e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.54 
 
 		 485 aa  181  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.37 
 
 		 486 aa  182  2e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  33.91 
 
 		 467 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  34.55 
 
 		 474 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  33.61 
 
 		 483 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.96 
 
 		 485 aa  178  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.17 
 
 		 483 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  33.82 
 
 		 463 aa  177  4e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0836  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.32 
 
 		 483 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0318775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  34.77 
 
 		 458 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  33.75 
 
 		 469 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  34.47 
 
 		 468 aa  173  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.34 
 
 		 495 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>