220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0270 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0270  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 372 aa  766    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0769  bmp family protein  82.84 
 
 		 374 aa  625  1e-178  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.109974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0836  basic membrane lipoprotein  77.87 
 
 		 367 aa  607  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1360  bmp family protein  68.1 
 
 		 369 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1169  twin-arginine translocation pathway signal  66.76 
 
 		 369 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5243  basic membrane lipoprotein  68.12 
 
 		 365 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1368  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  68.12 
 
 		 365 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0529921  normal  0.073818 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0853  basic membrane lipoprotein  62.57 
 
 		 372 aa  481  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4474  basic membrane lipoprotein  63.11 
 
 		 375 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.766807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3026  basic membrane lipoprotein  71.8 
 
 		 381 aa  474  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5659  lipoprotein  63.66 
 
 		 422 aa  471  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373529  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6457  basic membrane lipoprotein  63.11 
 
 		 375 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.153955 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1701  basic membrane lipoprotein  61.68 
 
 		 379 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.126126 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2020  basic membrane lipoprotein  61.68 
 
 		 368 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.137237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1117  basic membrane lipoprotein  62.5 
 
 		 384 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.246215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4620  ABC transporter substrate-binding protein  64.6 
 
 		 369 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0689181 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3026  basic membrane lipoprotein  38.39 
 
 		 380 aa  240  4e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2177  basic membrane lipoprotein  39.07 
 
 		 368 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0216  basic membrane lipoprotein  37.17 
 
 		 354 aa  233  3e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.518023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1927  basic membrane lipoprotein  37.57 
 
 		 382 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.940408  normal  0.0318829 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3237  basic membrane lipoprotein  37.09 
 
 		 352 aa  223  4e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1507  Bmp family membrane protein  36.53 
 
 		 382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1953  basic membrane lipoprotein  38.3 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0267127 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0663  basic membrane lipoprotein  38.74 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.888677  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1923  basic membrane lipoprotein  35.26 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0526758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0759  bmp family protein  37.36 
 
 		 364 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2299  basic membrane lipoprotein  33.93 
 
 		 384 aa  206  6e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1406  basic membrane lipoprotein  36.44 
 
 		 386 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000211605  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2993  basic membrane lipoprotein  38.89 
 
 		 361 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2594  basic membrane lipoprotein  35.84 
 
 		 362 aa  199  7e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.266805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0673  basic membrane lipoprotein  34.69 
 
 		 357 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3453  basic membrane lipoprotein  36.55 
 
 		 383 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0869  basic membrane lipoprotein  34.83 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5873  basic membrane lipoprotein  33.87 
 
 		 364 aa  188  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2379  basic membrane lipoprotein  35.69 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1979  basic membrane lipoprotein  35.69 
 
 		 385 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.919981  normal  0.873808 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2501  basic membrane lipoprotein  35.19 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403436  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3163  basic membrane lipoprotein  36.07 
 
 		 387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3629  basic membrane lipoprotein  35.18 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.178645  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1486  basic membrane lipoprotein  36.58 
 
 		 386 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3900  basic membrane lipoprotein  36.2 
 
 		 390 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2177  lipoprotein  35.5 
 
 		 380 aa  182  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186989  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0567  bmp family protein  35.63 
 
 		 355 aa  182  9.000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1135  basic membrane lipoprotein  36.01 
 
 		 388 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293026 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1941  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  35.22 
 
 		 364 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00208553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1288  basic membrane lipoprotein  33.42 
 
 		 364 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2142  basic membrane lipoprotein  35.01 
 
 		 385 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0794  basic membrane lipoprotein  34.12 
 
 		 380 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0638378  normal  0.164056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0806  putative lipoprotein  36.14 
 
 		 385 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3882  basic membrane lipoprotein  33.92 
 
 		 366 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2443  basic membrane lipoprotein  35.21 
 
 		 384 aa  179  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1044  basic membrane lipoprotein  34.97 
 
 		 361 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2318  basic membrane lipoprotein  35.22 
 
 		 368 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375115  normal  0.178466 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4187  basic membrane lipoprotein  34.51 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.083899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5006  basic membrane lipoprotein  33.92 
 
 		 382 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0224  hypothetical protein  32.79 
 
 		 365 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2169  lipoprotein  33.8 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0737964  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3296  basic membrane lipoprotein  32.56 
 
 		 363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1914  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01800  hypothetical protein  32.54 
 
 		 365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347768  normal  0.597763 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1142  basic membrane lipoprotein  32.25 
 
 		 366 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111164  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1039  basic membrane lipoprotein  35.8 
 
 		 383 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2057  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  34.91 
 
 		 359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297273  normal  0.489337 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1063  basic membrane lipoprotein  32.84 
 
 		 377 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2636  basic membrane lipoprotein  33.63 
 
 		 376 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.894025 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2444  basic membrane lipoprotein  34.91 
 
 		 382 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1902  basic membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 359 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1490  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  32.45 
 
 		 376 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0307169  normal  0.741431 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1060  basic membrane lipoprotein  32.54 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2138  basic membrane lipoprotein  34.02 
 
 		 390 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.370861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1159  bmp family protein  33.63 
 
 		 363 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1002  basic membrane lipoprotein  32.25 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1903  basic membrane lipoprotein  35.38 
 
 		 358 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.94528  normal  0.373123 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3176  basic membrane lipoprotein  32.34 
 
 		 376 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4847  basic membrane lipoprotein  34.72 
 
 		 371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2146  basic membrane lipoprotein  30.99 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1001  basic membrane lipoprotein  33.97 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1415  basic membrane lipoprotein  32.87 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218463  normal  0.0969049 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3721  basic membrane lipoprotein  32.79 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.339406 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1719  basic membrane lipoprotein  34.8 
 
 		 358 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00548824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5058  basic membrane lipoprotein  32.78 
 
 		 365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1118  basic membrane lipoprotein  32.23 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0536373  normal  0.804172 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4236  basic membrane lipoprotein  34.68 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1690  basic membrane lipoprotein  34.35 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00161056  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0450  basic membrane lipoprotein  30.17 
 
 		 625 aa  158  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3560  ABC transporter periplasmic-binding protein  31.17 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2148  basic membrane lipoprotein  34.42 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.863295  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3243  basic membrane lipoprotein  31.17 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3942  hypothetical protein  30.62 
 
 		 364 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116941  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2027  basic membrane lipoprotein  34.13 
 
 		 426 aa  155  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.073285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1708  basic membrane lipoprotein  33.83 
 
 		 426 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.918914 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1106  basic membrane lipoprotein  33.93 
 
 		 357 aa  153  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.383245 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0975  basic membrane lipoprotein  29.91 
 
 		 432 aa  151  1e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.494831 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2964  putative basic membrane protein  32.71 
 
 		 387 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1044  basic membrane lipoprotein  29.04 
 
 		 428 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00211594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0493  basic membrane lipoprotein  30.84 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00240976  normal  0.0511349 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4349  basic membrane lipoprotein  32.59 
 
 		 366 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1176  basic membrane lipoprotein  28.97 
 
 		 430 aa  146  6e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0623927 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1766  basic membrane lipoprotein  32.07 
 
 		 358 aa  145  8.000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0928  basic membrane lipoprotein  29.63 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1794  basic membrane lipoprotein  32.16 
 
 		 381 aa  145  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.150642  normal  0.801516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>