More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II1044 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II1044  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  100 
 
 		 294 aa  607  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0336  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 293 aa  251  8.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05418  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001477  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.223325  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0402  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0779916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51340  transcriptional regulator MvfR  28.46 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000816328 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  25.29 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  21.76 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 300 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.07 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.83 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.83 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0418  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.48 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  27.86 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.47 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  22.01 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  24.43 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.53 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.28 
 
 		 308 aa  67  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  23.65 
 
 		 297 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  21.61 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  23.49 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  21.68 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3828  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  25.89 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 326 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.69 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  22.64 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>