More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1806 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  100 
 
 
594 aa  1196    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.92 
 
 
629 aa  640    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  55.69 
 
 
599 aa  628  1e-179  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.15 
 
 
598 aa  625  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.84 
 
 
619 aa  627  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.28 
 
 
617 aa  624  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  54.49 
 
 
617 aa  620  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  55.16 
 
 
614 aa  620  1e-176  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.45 
 
 
627 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.39 
 
 
615 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.39 
 
 
615 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.39 
 
 
615 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.23 
 
 
616 aa  615  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.39 
 
 
615 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.28 
 
 
627 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.39 
 
 
615 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.12 
 
 
617 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.6 
 
 
615 aa  615  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.28 
 
 
627 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.88 
 
 
620 aa  612  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  55.12 
 
 
613 aa  613  9.999999999999999e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.61 
 
 
612 aa  615  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.75 
 
 
631 aa  615  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.29 
 
 
619 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.29 
 
 
619 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.95 
 
 
611 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.81 
 
 
619 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.04 
 
 
611 aa  610  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.01 
 
 
602 aa  609  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  53.81 
 
 
616 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.67 
 
 
616 aa  609  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  55.89 
 
 
602 aa  611  1e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.81 
 
 
616 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.05 
 
 
618 aa  611  1e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.32 
 
 
616 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  53.67 
 
 
616 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  53.9 
 
 
656 aa  607  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.25 
 
 
615 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  53.77 
 
 
617 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.46 
 
 
614 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.56 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.47 
 
 
612 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.4 
 
 
613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.49 
 
 
616 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  53.47 
 
 
621 aa  603  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  53.47 
 
 
621 aa  602  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  52.88 
 
 
608 aa  603  1.0000000000000001e-171  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.49 
 
 
616 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.74 
 
 
647 aa  604  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.83 
 
 
623 aa  604  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.45 
 
 
612 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.19 
 
 
698 aa  598  1e-170  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.15 
 
 
707 aa  599  1e-170  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.68 
 
 
612 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.68 
 
 
612 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  54.19 
 
 
698 aa  598  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  53.63 
 
 
620 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.68 
 
 
612 aa  600  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.23 
 
 
611 aa  597  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.39 
 
 
611 aa  598  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.73 
 
 
616 aa  595  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.91 
 
 
855 aa  595  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.69 
 
 
612 aa  597  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  53.51 
 
 
644 aa  592  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  52.97 
 
 
612 aa  592  1e-168  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.74 
 
 
613 aa  593  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.81 
 
 
616 aa  592  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.95 
 
 
595 aa  593  1e-168  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  53.52 
 
 
616 aa  590  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  54.44 
 
 
611 aa  588  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.12 
 
 
623 aa  587  1e-166  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.22 
 
 
610 aa  587  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 
805 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 
683 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 
805 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.12 
 
 
623 aa  587  1e-166  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1260  putative sigma-70 factor (RpoD)  52.48 
 
 
647 aa  584  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.31 
 
 
805 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.45 
 
 
680 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1124  sigma 70 (RpoD)  52.4 
 
 
648 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.675922 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.17 
 
 
621 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 
736 aa  578  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.03 
 
 
620 aa  578  1e-164  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.2 
 
 
620 aa  581  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 
736 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.54 
 
 
624 aa  578  1e-164  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 
808 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.45 
 
 
681 aa  581  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.69 
 
 
805 aa  581  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.47 
 
 
680 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.47 
 
 
680 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.48 
 
 
657 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.63 
 
 
800 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>