More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_3294 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
131 aa  260  4.999999999999999e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  77.1 
 
 
132 aa  203  8e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
135 aa  174  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.12 
 
 
129 aa  170  6.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
127 aa  166  9e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.07 
 
 
127 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  56.15 
 
 
131 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.73 
 
 
131 aa  147  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  55.73 
 
 
127 aa  146  9e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
131 aa  146  9e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
152 aa  144  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  53.08 
 
 
131 aa  144  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.79 
 
 
132 aa  142  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  54.62 
 
 
127 aa  142  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  54.2 
 
 
127 aa  140  6e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  55.15 
 
 
155 aa  140  7e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  51.52 
 
 
128 aa  135  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.85 
 
 
136 aa  133  7.000000000000001e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  52.27 
 
 
131 aa  133  8e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  53.73 
 
 
138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  50.38 
 
 
133 aa  132  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.11 
 
 
136 aa  131  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  52.27 
 
 
128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.11 
 
 
136 aa  131  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  49.62 
 
 
127 aa  130  9e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.63 
 
 
136 aa  129  9e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.37 
 
 
144 aa  129  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.37 
 
 
147 aa  129  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
139 aa  129  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  52.27 
 
 
129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  50.38 
 
 
127 aa  125  3e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.85 
 
 
127 aa  124  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  47.33 
 
 
129 aa  123  7e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  48.09 
 
 
127 aa  123  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
128 aa  121  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  46.21 
 
 
128 aa  120  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  44.27 
 
 
129 aa  114  5e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  53.97 
 
 
66 aa  77  0.00000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
66 aa  76.3  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  55.56 
 
 
66 aa  76.3  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  74.3  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  50 
 
 
66 aa  74.3  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  56.67 
 
 
65 aa  70.9  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55 
 
 
65 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  55 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  55 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  53.33 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  53.33 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  53.23 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  52.94 
 
 
310 aa  67.4  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
65 aa  66.2  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  50.72 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.77 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.46 
 
 
65 aa  65.5  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 
311 aa  65.1  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  47.69 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  47.69 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  48.44 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  50.77 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  50.79 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>