More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3638 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
286 aa  565  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.354327 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1943  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
287 aa  299  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.52 
 
 
286 aa  285  7e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.972141 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.88 
 
 
286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.02 
 
 
286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.456888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3225  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 
290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.28 
 
 
282 aa  259  4e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
265 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000237313  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
267 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.434093  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
261 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  34.25 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  28.88 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  33.46 
 
 
260 aa  125  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.76 
 
 
264 aa  125  9e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  29.5 
 
 
285 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  30.15 
 
 
288 aa  123  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31 
 
 
275 aa  122  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
259 aa  122  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  28.32 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.61 
 
 
267 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  29.12 
 
 
286 aa  119  7.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  28.32 
 
 
287 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  30 
 
 
293 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  26.92 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.71 
 
 
244 aa  116  3.9999999999999997e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  29.18 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  26.15 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.87 
 
 
267 aa  113  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  31.87 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.37 
 
 
269 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  29.96 
 
 
280 aa  112  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  25.77 
 
 
266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  25.77 
 
 
266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  25.77 
 
 
266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  25.77 
 
 
266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  25.77 
 
 
266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  25.77 
 
 
266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.38 
 
 
307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0488544 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  25.77 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  25.77 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  27.24 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.3 
 
 
282 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.3 
 
 
282 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.9 
 
 
280 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
282 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  31.23 
 
 
256 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
277 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.097439  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.15 
 
 
284 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  30.83 
 
 
256 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.33 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.46 
 
 
270 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
281 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  25.77 
 
 
266 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.7 
 
 
272 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  30.42 
 
 
262 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
267 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  26.28 
 
 
281 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  26.28 
 
 
281 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.16 
 
 
272 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
265 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0165031  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.24 
 
 
258 aa  105  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5282  ABC transporter  26.95 
 
 
265 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  28.3 
 
 
273 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
272 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.59 
 
 
254 aa  103  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.16 
 
 
285 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.16 
 
 
285 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  26.28 
 
 
281 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.16 
 
 
285 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1906  putrescine transport system permease protein  29.39 
 
 
288 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386242 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0372  ornithine carbamoyltransferase  29.46 
 
 
261 aa  103  3e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  27.8 
 
 
289 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  28.34 
 
 
289 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.25 
 
 
268 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  29.06 
 
 
271 aa  102  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
265 aa  102  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  29.6 
 
 
269 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.25 
 
 
268 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.25 
 
 
268 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.04 
 
 
596 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  25.28 
 
 
256 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.3 
 
 
277 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  27.38 
 
 
273 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.62 
 
 
285 aa  101  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  27.67 
 
 
256 aa  101  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3038  ABC permidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.16 
 
 
267 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.16 
 
 
267 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.548577  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.49 
 
 
256 aa  100  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
264 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
275 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.14 
 
 
269 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
272 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.6 
 
 
268 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  27.67 
 
 
256 aa  100  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.82 
 
 
268 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 
270 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  29.92 
 
 
269 aa  99.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  26.22 
 
 
281 aa  99.8  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>