More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3617 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3617  methionine synthase (B12-dependent)  100 
 
 		 349 aa  720    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.732066  normal  0.0126884 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3657  methionine synthase  79.07 
 
 		 342 aa  558  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15726 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3347  methionine synthase (B12-dependent)  77.55 
 
 		 359 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2998  methionine synthase  77.55 
 
 		 359 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.639431  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1935  B12-dependent methionine synthase  75.07 
 
 		 1250 aa  530  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.688432  normal  0.0193285 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2651  B12-dependent methionine synthase  73.59 
 
 		 1257 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2911  B12-dependent methionine synthase  73.59 
 
 		 1257 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0328  B12-dependent methionine synthase  74.24 
 
 		 1264 aa  511  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2966  B12-dependent methionine synthase  73.08 
 
 		 1257 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0188  B12-dependent methionine synthase  72.46 
 
 		 1261 aa  489  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0182  B12-dependent methionine synthase  72.16 
 
 		 1261 aa  488  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2870  B12-dependent methionine synthase  72.7 
 
 		 1257 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0197  B12-dependent methionine synthase  71.56 
 
 		 1263 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4366  B12-dependent methionine synthase  68.88 
 
 		 1247 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.778137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4918  B12-dependent methionine synthase  69.07 
 
 		 1248 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2832  B12-dependent methionine synthase  67.07 
 
 		 1271 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.192266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2123  B12-dependent methionine synthase  66.57 
 
 		 1250 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.607854 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1638  B12-dependent methionine synthase  66.27 
 
 		 1250 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1601  B12-dependent methionine synthase  67.17 
 
 		 1250 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1882  B12-dependent methionine synthase  67.17 
 
 		 1250 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.820569 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  64.39 
 
 		 1293 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  65.67 
 
 		 1286 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3545  B12-dependent methionine synthase  63.39 
 
 		 1245 aa  421  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.229259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7061  B12-dependent methionine synthase  65.69 
 
 		 1287 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1764  B12-dependent methionine synthase  63.27 
 
 		 1304 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.075059  normal  0.0106397 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  63.1 
 
 		 1245 aa  414  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1123  B12-dependent methionine synthase  62.46 
 
 		 1246 aa  413  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.833597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29240  B12-dependent methionine synthase  59.83 
 
 		 1278 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3541  B12-dependent methionine synthase  64.81 
 
 		 1293 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0988023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  60.17 
 
 		 1235 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0283  B12-dependent methionine synthase  65.06 
 
 		 1290 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.383841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  60.17 
 
 		 1235 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  61.36 
 
 		 1236 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1888  B12-dependent methionine synthase  60.47 
 
 		 1235 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  62.85 
 
 		 1226 aa  401  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1982  B12-dependent methionine synthase  59.88 
 
 		 1235 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0368395  normal  0.238169 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1433  methionine synthase I, homocysteine S-methyltransferase  60.24 
 
 		 338 aa  402  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.218334 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2154  B12-dependent methionine synthase  59.88 
 
 		 1228 aa  404  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2732  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  59.88 
 
 		 1239 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0346659  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  59.82 
 
 		 1234 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  59 
 
 		 1239 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  59.59 
 
 		 1236 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3449  B12-dependent methionine synthase  59.53 
 
 		 1234 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625644  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  56.77 
 
 		 1244 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0595  B12-dependent methionine synthase  57.1 
 
 		 1272 aa  394  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  55.39 
 
 		 1244 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  55.69 
 
 		 1244 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  55.98 
 
 		 1244 aa  394  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0973  B12-dependent methionine synthase  56.2 
 
 		 1244 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  57.52 
 
 		 1232 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0191  homocysteine S-methyltransferase  58.91 
 
 		 356 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0650  B12-dependent methionine synthase  60.61 
 
 		 1250 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2611  homocysteine S-methyltransferase  59.06 
 
 		 363 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.186281 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1526  B12-dependent methionine synthase  58.16 
 
 		 1232 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0083  methionine synthase (B12-dependent)  58.89 
 
 		 366 aa  388  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1007  B12-dependent methionine synthase  55.91 
 
 		 1244 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  57.06 
 
 		 1233 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  56.86 
 
 		 346 aa  385  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  57.35 
 
 		 346 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  56.97 
 
 		 1244 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0477  homocysteine S-methyltransferase  58.61 
 
 		 356 aa  384  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0783224 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  55.62 
 
 		 1244 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6259  methionine synthase (B12-dependent)  58.98 
 
 		 372 aa  386  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  55.86 
 
 		 1240 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  58.23 
 
 		 334 aa  386  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2509  B12-dependent methionine synthase  54.7 
 
 		 1262 aa  386  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2828  homocysteine S-methyltransferase  59.64 
 
 		 355 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2302  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  58.56 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  55.06 
 
 		 1238 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2965  methionine synthase  60.24 
 
 		 355 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2916  methionine synthase  58.56 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142976  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1689  homocysteine S-methyltransferase  56.98 
 
 		 354 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  55.07 
 
 		 1246 aa  385  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2931  homocysteine S-methyltransferase  58.56 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1101  B12-dependent methionine synthase  54.84 
 
 		 1230 aa  381  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875071  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0388  homocysteine S-methyltransferase  58.72 
 
 		 367 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0207088 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  58.38 
 
 		 1263 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0892  homocysteine S-methyltransferase  57.52 
 
 		 339 aa  384  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4240  methionine synthase (B12-dependent)  59.09 
 
 		 359 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.826519  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1889  B12-dependent methionine synthase  56.27 
 
 		 1245 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0363  B12-dependent methionine synthase  65.61 
 
 		 1261 aa  383  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3799  methionine synthase  56.93 
 
 		 1219 aa  384  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0156  homocysteine S-methyltransferase  57.06 
 
 		 346 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0102  homocysteine S-methyltransferase  58.02 
 
 		 344 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0403  B12-dependent methionine synthase  57.19 
 
 		 1271 aa  381  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0459446  hitchhiker  0.000026899 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  56.63 
 
 		 1227 aa  379  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1980  methionine synthase  57.36 
 
 		 354 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0358  homocysteine S-methyltransferase, putative  58.26 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  54.12 
 
 		 1241 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2402  homocysteine S-methyltransferase  56.93 
 
 		 353 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264872  normal  0.0639264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4088  B12-dependent methionine synthase  56.52 
 
 		 1251 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.611508 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01233  methionine synthase  56.85 
 
 		 379 aa  378  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0459633  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1545  B12-dependent methionine synthase  55.19 
 
 		 1237 aa  377  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.396086  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3218  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  58.68 
 
 		 359 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0595  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  58.68 
 
 		 359 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0172  methionine synthase (B12-dependent)  55.06 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.727422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0087  methionine synthase (B12-dependent)  57.23 
 
 		 355 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.398145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3268  homocysteine S-methyltransferase  57.83 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  57.23 
 
 		 1244 aa  377  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0249  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  58.68 
 
 		 359 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.481246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>