More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3406 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  80.57 
 
 		 468 aa  782    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  81.6 
 
 		 468 aa  776    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  71.3 
 
 		 484 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.36 
 
 		 462 aa  648    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.91 
 
 		 469 aa  656    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  100 
 
 		 487 aa  1001    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  69.66 
 
 		 463 aa  648    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  81.6 
 
 		 466 aa  759    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  70.63 
 
 		 484 aa  660    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  70.47 
 
 		 484 aa  660    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  81.6 
 
 		 468 aa  778    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  37.38 
 
 		 435 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  37.62 
 
 		 435 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.66 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  32.36 
 
 		 408 aa  186  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  32.69 
 
 		 371 aa  186  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.96 
 
 		 404 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  29.95 
 
 		 397 aa  176  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  30.68 
 
 		 405 aa  175  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  30 
 
 		 397 aa  174  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  32.05 
 
 		 405 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.02 
 
 		 387 aa  173  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  30.73 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  31 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.71 
 
 		 404 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.94 
 
 		 401 aa  167  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  32.54 
 
 		 402 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.88 
 
 		 407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  30.25 
 
 		 405 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  31.58 
 
 		 408 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  28.64 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  30.39 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  30.17 
 
 		 399 aa  160  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  30.82 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.78 
 
 		 397 aa  156  8e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  31.22 
 
 		 408 aa  156  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.59 
 
 		 398 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.12 
 
 		 398 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.33 
 
 		 404 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.54 
 
 		 410 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.63 
 
 		 397 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  28.3 
 
 		 420 aa  154  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.41 
 
 		 400 aa  154  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  30.25 
 
 		 408 aa  154  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  30.12 
 
 		 409 aa  153  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  29.23 
 
 		 397 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.1 
 
 		 408 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  28.08 
 
 		 403 aa  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.16 
 
 		 405 aa  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.87 
 
 		 420 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.92 
 
 		 391 aa  150  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  28.83 
 
 		 403 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.01 
 
 		 400 aa  148  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.1 
 
 		 397 aa  148  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.11 
 
 		 411 aa  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.46 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  28.57 
 
 		 405 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  29.13 
 
 		 397 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  28.64 
 
 		 404 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  29.81 
 
 		 394 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.02 
 
 		 397 aa  144  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.53 
 
 		 399 aa  144  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.45 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  28.81 
 
 		 397 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  32.78 
 
 		 404 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.36 
 
 		 383 aa  140  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.68 
 
 		 401 aa  139  8.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.95 
 
 		 383 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  27.97 
 
 		 408 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  27.89 
 
 		 405 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.55 
 
 		 400 aa  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  28.51 
 
 		 398 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  29 
 
 		 398 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  29.35 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  26.73 
 
 		 402 aa  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.95 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.08 
 
 		 405 aa  117  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  23.71 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  24.03 
 
 		 406 aa  113  6e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.73 
 
 		 402 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.32 
 
 		 434 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.91 
 
 		 403 aa  106  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  28.43 
 
 		 347 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04092  transcriptional regulator of chromosome partitioning protein; ParA family protein; could be a protein tyrosine kinase  33.08 
 
 		 264 aa  101  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3532  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.56 
 
 		 267 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.440443  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2374  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.64 
 
 		 306 aa  100  5e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.448364  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3898  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.8 
 
 		 316 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475891  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3279  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.82 
 
 		 298 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.95 
 
 		 387 aa  99.8  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3498  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.71 
 
 		 303 aa  99  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.975248  normal  0.228635 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2844  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.02 
 
 		 268 aa  98.6  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0237  chromosome partitioning ATPase  34.34 
 
 		 279 aa  97.8  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2820  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.53 
 
 		 312 aa  97.4  5e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.217261  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1888  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.03 
 
 		 265 aa  97.1  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3976  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.8 
 
 		 316 aa  97.1  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0294413  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2947  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.59 
 
 		 290 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.297799  normal  0.346271 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2976  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.59 
 
 		 290 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3835  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.36 
 
 		 316 aa  96.7  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.10007  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.59 
 
 		 279 aa  96.7  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2097  chromosome segregation ATPase  29.23 
 
 		 265 aa  96.7  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>