More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1049 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  100 
 
 		 410 aa  827    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2184  putative cytochrome B561  47.07 
 
 		 400 aa  338  9e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1400  cytochrome B561  42.93 
 
 		 397 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1745  cytochrome B561  43.23 
 
 		 406 aa  302  8.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399847  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  29.1 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  28.12 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  27.4 
 
 		 441 aa  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  32.98 
 
 		 182 aa  106  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  32.98 
 
 		 182 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  27.29 
 
 		 421 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  38.62 
 
 		 178 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  37.19 
 
 		 180 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  32.51 
 
 		 187 aa  95.1  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  36.52 
 
 		 191 aa  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  34.47 
 
 		 189 aa  91.3  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  30.48 
 
 		 204 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  35.82 
 
 		 178 aa  89  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  36.27 
 
 		 186 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  34.02 
 
 		 193 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  33.33 
 
 		 222 aa  86.7  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  39.71 
 
 		 174 aa  86.7  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  33.17 
 
 		 184 aa  86.7  8e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  33.51 
 
 		 193 aa  86.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  32.82 
 
 		 195 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  32.12 
 
 		 186 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  32.67 
 
 		 199 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4402  YceI family protein  40 
 
 		 190 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.426674 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.72 
 
 		 186 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5251  YceI family protein  39.39 
 
 		 192 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3201  YceI family protein  35.88 
 
 		 186 aa  84.7  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.484936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0682  YceI family protein  37.16 
 
 		 186 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  34.5 
 
 		 190 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  31.38 
 
 		 188 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  32.65 
 
 		 203 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0715  YceI family protein  37.16 
 
 		 186 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2179  cytochrome B561  31.71 
 
 		 203 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0231  YceI  37.16 
 
 		 186 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0733061  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2670  YceI family protein  37.16 
 
 		 186 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.822376 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2321  YceI  34.57 
 
 		 191 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  30.88 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0833  cytochrome B561  29.95 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.00227976 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  32.84 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  30.1 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  30.57 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3803  hypothetical protein  36.49 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  30.85 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  30.57 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  30.57 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  29.59 
 
 		 183 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  38.99 
 
 		 188 aa  79  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  30.85 
 
 		 186 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1848  cytochrome B561  31.12 
 
 		 193 aa  79  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.739636  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  30.85 
 
 		 186 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  29.59 
 
 		 183 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  31.63 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  31.63 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  31.63 
 
 		 188 aa  78.2  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  31.63 
 
 		 188 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  31.63 
 
 		 188 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  31.63 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  31.63 
 
 		 188 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  31.63 
 
 		 188 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  28.57 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  31.32 
 
 		 191 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0705  YceI family protein  35.62 
 
 		 187 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587119  normal  0.613914 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  29.38 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  28.86 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3996  hypothetical protein  35.14 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.350257 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  32.35 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  30.77 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  32.99 
 
 		 184 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2818  cytochrome B561  31.12 
 
 		 183 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2065  hypothetical protein  32.42 
 
 		 191 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  32.85 
 
 		 190 aa  75.5  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  30.1 
 
 		 213 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  30.57 
 
 		 186 aa  75.1  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5859  YceI family protein  35.14 
 
 		 191 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  31.5 
 
 		 185 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  32.65 
 
 		 196 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2804  cytochrome B561  32.64 
 
 		 177 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.850837  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  29.74 
 
 		 183 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  29.8 
 
 		 183 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3478  cytochrome B561  30.43 
 
 		 180 aa  74.7  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579466  hitchhiker  0.000371098 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  29.74 
 
 		 183 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0606  YceI family protein  37.16 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1216  cytochrome b561  31.31 
 
 		 183 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000559854  normal  0.299312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  32.12 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2886  cytochrome B561  32.64 
 
 		 177 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.995623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3871  putative cytochrome b561  26.21 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.614366  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  31.47 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  29.29 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  31.66 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1906  cytochrome b561 family protein  32.49 
 
 		 183 aa  72.8  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  30.1 
 
 		 177 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0630  YceI family protein  37.16 
 
 		 186 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0144  cytochrome B561  35.53 
 
 		 196 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.876682  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1404  cytochrome B561  31.96 
 
 		 179 aa  71.6  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.610566  normal  0.317054 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  25.53 
 
 		 191 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  31.84 
 
 		 184 aa  72  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  31.84 
 
 		 184 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>