More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0513 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  606  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.68 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 283 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  29.66 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 324 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.72 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 315 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.33 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3757  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 326 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.89 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.91 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  28.19 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 289 aa  112  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  31.28 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  27.87 
 
 		 318 aa  108  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02127  transcriptional regulator transcription regulator protein  28.06 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  36.28 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 295 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 329 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  29.6 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.96 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  28.4 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>