More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0143 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0143  thiamine ABC transporter, thiamine-binding protein  100 
 
 
336 aa  681    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1142  thiamine transporter substrate binding subunit  38.08 
 
 
334 aa  229  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.493947  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1695  thiamine transporter substrate binding subunit  37.77 
 
 
334 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.724988  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1757  thiamine transporter substrate binding subunit  37.15 
 
 
334 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0106404  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3107  thiamine transporter substrate binding subunit  39.14 
 
 
342 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1200  ABC transporter periplasmic-binding protein  40.55 
 
 
334 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00816728  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4266  thiamine transporter substrate binding subunit  38.11 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0385  thiamine transporter substrate binding subunit  39.37 
 
 
332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3259  thiamine transporter substrate binding subunit  36.96 
 
 
332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288476  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0119  thiamine transporter substrate binding subunit  37.22 
 
 
327 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0112  thiamine transporter substrate binding subunit  37.22 
 
 
327 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0070  thiamine transporter substrate binding subunit  37.38 
 
 
327 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001686  thiamin ABC transporter substrate-binding component  35.71 
 
 
330 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0115  thiamine transporter substrate binding subunit  37.22 
 
 
327 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0119  thiamine transporter substrate binding subunit  37.22 
 
 
327 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0114  thiamine transporter substrate binding subunit  37.22 
 
 
327 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51564  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0060  thiamine transporter substrate binding subunit  37.38 
 
 
327 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0072  thiamine transporter substrate binding subunit  37.05 
 
 
327 aa  206  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3589  thiamine transporter substrate binding subunit  37.05 
 
 
327 aa  205  8e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000386995 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0072  thiamine transporter substrate binding subunit  37.05 
 
 
327 aa  205  8e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0073  thiamine transporter substrate binding subunit  36.72 
 
 
327 aa  205  9e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3542  thiamine transporter substrate binding subunit  34.56 
 
 
358 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2943  thiamine transporter substrate binding subunit  34.56 
 
 
348 aa  205  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.683707 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00070  thiamin transporter subunit  36.72 
 
 
327 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3531  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  36.72 
 
 
327 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00069  hypothetical protein  36.72 
 
 
327 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2119  thiamine transporter substrate binding subunit  35.53 
 
 
330 aa  202  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3619  thiamine transporter substrate binding subunit  35.06 
 
 
338 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454243  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00788  thiamine transporter substrate binding subunit  34.71 
 
 
330 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0349  thiamine transporter substrate binding subunit  37.88 
 
 
338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.741345  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3808  thiamine transporter substrate binding subunit  33.84 
 
 
338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0615  thiamine transporter substrate binding subunit  35.08 
 
 
327 aa  199  6e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0737  thiamine transporter substrate binding subunit  35.06 
 
 
328 aa  199  7e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0623  thiamine transporter substrate binding subunit  33.77 
 
 
327 aa  198  7.999999999999999e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0584  thiamine transporter substrate binding subunit  34.09 
 
 
327 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2818  thiamine transporter substrate binding subunit  34.95 
 
 
326 aa  192  6e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0458711  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3472  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  37.17 
 
 
337 aa  192  9e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2798  thiamine transporter substrate binding subunit  35.14 
 
 
327 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0008  ABC transporter periplasmic-binding protein  35.14 
 
 
325 aa  176  7e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000406397  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0058  thiamine transporter substrate binding subunit  34.93 
 
 
327 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  31.94 
 
 
325 aa  169  8e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1391  thiamine transporter substrate binding subunit  34.59 
 
 
342 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.994265  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0330  thiamine transporter substrate binding subunit  34.93 
 
 
335 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.306061 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  32.75 
 
 
325 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1013  thiamine ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.8 
 
 
338 aa  160  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0137605  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0885  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  31.67 
 
 
361 aa  139  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.420494 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04160  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  31.56 
 
 
367 aa  130  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.207921  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19460  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  31.06 
 
 
355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283469  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1933  ABC transporter periplasmic-binding protein  29.8 
 
 
343 aa  126  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.567061  normal  0.262856 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0455  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.96 
 
 
360 aa  126  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.617088  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3056  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.82 
 
 
353 aa  124  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.450675  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0314  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.53 
 
 
363 aa  122  8e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000495948  hitchhiker  0.00896596 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31210  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.57 
 
 
357 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.194613  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3809  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.07 
 
 
366 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0746  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.36 
 
 
344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0261  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.34 
 
 
386 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000633057  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0218  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.17 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195863  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3246  ABC transporter periplasmic-binding protein  29.97 
 
 
340 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.791239  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3336  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.71 
 
 
351 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.419962  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2516  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  25.76 
 
 
370 aa  100  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0178  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.22 
 
 
386 aa  99.8  6e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0433  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.62 
 
 
359 aa  99.4  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.127437  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2697  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  24.14 
 
 
431 aa  92.8  7e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0460  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  24.91 
 
 
387 aa  89  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1933  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  25.51 
 
 
388 aa  87.8  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04580  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.99 
 
 
392 aa  87.8  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0388  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  23.91 
 
 
388 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1940  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.83 
 
 
383 aa  79.7  0.00000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.99 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 
348 aa  70.5  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
342 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.3 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5854  hypothetical protein  28.33 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal  0.680592 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  27.7 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  27.91 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1273  putative periplasmic solute-binding protein  28.15 
 
 
333 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384428  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 
350 aa  66.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.95 
 
 
358 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  27.95 
 
 
346 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.92 
 
 
341 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  27.95 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  27.95 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  27.95 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.95 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  27.95 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.61 
 
 
334 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3377  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
349 aa  65.9  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977933  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4661  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.21 
 
 
362 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal  0.137959 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
340 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5065  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  22.81 
 
 
365 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0972381  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0348  thiamine ABC transporter periplasmic binding protein  24.25 
 
 
362 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0499853  normal  0.792791 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.64 
 
 
358 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5189  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  23.44 
 
 
362 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  27.04 
 
 
343 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.92 
 
 
341 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.67 
 
 
341 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 
362 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.64 
 
 
358 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.67 
 
 
341 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>