More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3932 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3932  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  622  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.32 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  34.71 
 
 		 304 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.76 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  34.71 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  34.71 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 320 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  34.36 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  34.02 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.21 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  34.02 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 300 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 322 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 		 297 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 307 aa  178  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>