More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3504 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3504  response regulator receiver protein  100 
 
 
294 aa  580  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259212  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1114  response regulator receiver protein  31.72 
 
 
266 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2685  hypothetical protein  37.12 
 
 
326 aa  80.9  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0857  MarR family transcriptional regulator  43 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1851  MarR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
350 aa  78.6  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.184496  normal  0.37635 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2488  DNA repair protein RadC  41.46 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.386498  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1241  MarR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
172 aa  65.1  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250415  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2099  hypothetical protein  49.28 
 
 
344 aa  65.5  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2222  regulatory protein, MarR  39.29 
 
 
175 aa  63.2  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1800  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.81 
 
 
464 aa  62.4  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.458412  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0640  two component LuxR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
269 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1114  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  24.8 
 
 
501 aa  60.1  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.05 
 
 
481 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.874499  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3269  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.4 
 
 
467 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
203 aa  58.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0976  anti-sigma-factor antagonist  25.85 
 
 
237 aa  57.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1183  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.1 
 
 
481 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.39 
 
 
449 aa  57  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1105  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  25 
 
 
475 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.926771  normal  0.835973 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1545  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.79 
 
 
218 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0982964  normal  0.0521608 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0588  Fis family transcriptional regulator  27.71 
 
 
458 aa  57  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.651672  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0289  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.89 
 
 
232 aa  56.6  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000126796  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  26.43 
 
 
216 aa  56.2  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
362 aa  55.8  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  27.87 
 
 
231 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  27.87 
 
 
231 aa  55.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0008  sensory box histidine kinase/response regulator  24.36 
 
 
516 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1198  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.81 
 
 
375 aa  54.7  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328285 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.89 
 
 
455 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1115  response regulator receiver protein  28.79 
 
 
127 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0410  anti-sigma-factor antagonist  25.41 
 
 
238 aa  54.7  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
206 aa  54.3  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4050  putative two-component response regulator  29.38 
 
 
441 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  29.17 
 
 
461 aa  53.9  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  26.13 
 
 
460 aa  53.9  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  27.05 
 
 
231 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2669  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.48 
 
 
439 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  27.05 
 
 
231 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  25.25 
 
 
246 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  23 
 
 
455 aa  53.1  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  27.05 
 
 
231 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2403  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.79 
 
 
467 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.32958 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2282  two component LuxR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
199 aa  53.1  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.203996 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  23.97 
 
 
454 aa  52.8  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1223  anti-sigma-factor antagonist  27.59 
 
 
271 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  28.3 
 
 
212 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1066  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.47 
 
 
442 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3138  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  25.6 
 
 
459 aa  52  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4346  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.47 
 
 
442 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.788839  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1095  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.47 
 
 
442 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3913  helix-turn-helix, Fis-type  29.93 
 
 
442 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.289305  normal  0.253976 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4376  LuxR response regulator receiver  30.15 
 
 
265 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.945677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  23.53 
 
 
210 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4540  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  23.86 
 
 
442 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.203781  normal  0.155775 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13448  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  25.62 
 
 
442 aa  51.6  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.58 
 
 
445 aa  51.6  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1107  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.47 
 
 
442 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248973 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  23.45 
 
 
210 aa  52  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  29.31 
 
 
446 aa  52  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  20.28 
 
 
502 aa  52  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1168  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.64 
 
 
433 aa  51.2  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0764  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.64 
 
 
433 aa  50.8  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00454819  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0252  response regulator receiver protein  26.67 
 
 
239 aa  51.2  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.114255 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1043  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.64 
 
 
433 aa  51.6  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0366555  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  27.93 
 
 
448 aa  51.2  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  24.65 
 
 
212 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.36 
 
 
465 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2880  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.46 
 
 
455 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765557  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.4 
 
 
452 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3471  response regulator receiver protein  33.98 
 
 
129 aa  51.2  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455069  normal  0.215612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0288  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.28 
 
 
468 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2217  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.03 
 
 
276 aa  50.8  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00294817  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.73 
 
 
462 aa  50.8  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.73 
 
 
1079 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3819  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  22.5 
 
 
455 aa  50.8  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.785821  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  24.05 
 
 
466 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.52 
 
 
487 aa  50.8  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46990  putative two-component response regulator  29.45 
 
 
425 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0103448  normal  0.161007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0477  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.22 
 
 
443 aa  50.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.62 
 
 
446 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2592  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.57 
 
 
455 aa  50.4  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0156101 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
208 aa  50.1  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
208 aa  50.1  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2580  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.68 
 
 
456 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.164177  normal  0.273143 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3407  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  23.23 
 
 
458 aa  49.7  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1278  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.84 
 
 
452 aa  50.1  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.902353  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0010  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
508 aa  49.7  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0502065  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4293  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.24 
 
 
448 aa  49.7  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.475037  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
220 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  27.03 
 
 
215 aa  49.7  0.00006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
506 aa  49.7  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  27.22 
 
 
358 aa  49.3  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  30.16 
 
 
183 aa  49.3  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4127  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.32 
 
 
462 aa  49.3  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.03 
 
 
461 aa  49.7  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2399  response regulator receiver protein  26.72 
 
 
201 aa  49.3  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.635003 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  27.03 
 
 
461 aa  49.7  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  22.42 
 
 
205 aa  49.3  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1459  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  24.03 
 
 
380 aa  49.3  0.00008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.808052  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2396  response regulator receiver protein  33.73 
 
 
139 aa  49.3  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>