More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0173 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  630  1e-180  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 216 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 290 aa  99  9e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 332 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.88 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.88 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.88 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  28.38 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  31.94 
 
 		 314 aa  94.4  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.52 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 336 aa  93.6  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 327 aa  93.2  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.51 
 
 		 294 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 324 aa  89.7  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  32.95 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 328 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 328 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  32.57 
 
 		 295 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 289 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  32.57 
 
 		 295 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  32.57 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  32.57 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  31.02 
 
 		 314 aa  89  9e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  28.34 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 350 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  32.57 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 289 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  32.57 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  32.57 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  28.87 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.9 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  28.87 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 321 aa  87  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  28.87 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.02 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 306 aa  87  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 327 aa  86.7  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  30.49 
 
 		 331 aa  86.7  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.62 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 289 aa  86.3  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 308 aa  86.3  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 311 aa  86.3  7e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 312 aa  86.3  7e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.33 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  85.9  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>