More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3572 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  669    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  48.41 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  24.28 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 317 aa  94.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 322 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 322 aa  93.2  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  26.21 
 
 		 327 aa  92.8  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  27.48 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  23.61 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 319 aa  89.7  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 323 aa  89.4  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 321 aa  89.4  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  26.25 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 316 aa  87.8  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 321 aa  85.9  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 321 aa  85.9  8e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  27.85 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 350 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  25.14 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  25.75 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  24.61 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  23.04 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  24.14 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  27.32 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  23.76 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  23.96 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.94 
 
 		 306 aa  54.7  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 317 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 308 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 314 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  23.47 
 
 		 308 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  23.97 
 
 		 310 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 317 aa  53.9  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 278 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  20.64 
 
 		 306 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 309 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 311 aa  53.5  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  20.64 
 
 		 306 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  20.64 
 
 		 306 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.97 
 
 		 317 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  20.41 
 
 		 306 aa  52.8  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2575  LysR family transcriptional regulator  22.39 
 
 		 309 aa  52.8  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.187832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 306 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 317 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  25 
 
 		 347 aa  51.6  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0158  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 324 aa  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  21.16 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>