More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5546 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5546  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 		 346 aa  704    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0934865 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6836  alpha/beta hydrolase fold protein  74.35 
 
 		 345 aa  545  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230039  normal  0.229752 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5052  putative epoxide hydrolase  66.18 
 
 		 352 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4736  twin-arginine translocation pathway signal  66.76 
 
 		 350 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.874763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0813  alpha/beta hydrolase fold protein  70.1 
 
 		 350 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.875256  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0519  alpha/beta hydrolase fold  64.22 
 
 		 341 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2052  alpha/beta hydrolase fold  66.07 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111851  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6270  alpha/beta hydrolase fold protein  66.27 
 
 		 340 aa  445  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2276  alpha/beta hydrolase fold protein  65.98 
 
 		 349 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.491211  normal  0.309577 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6177  alpha/beta hydrolase fold  62.61 
 
 		 343 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2255  Alpha/beta hydrolase fold  63.29 
 
 		 347 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.257124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2386  Alpha/beta hydrolase fold  62.68 
 
 		 354 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.250689  unclonable  0.0000387671 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3910  alpha/beta hydrolase fold  64.17 
 
 		 348 aa  441  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.990373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5445  alpha/beta hydrolase fold protein  62.8 
 
 		 341 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.237342  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6173  alpha/beta hydrolase fold  62.61 
 
 		 343 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4572  alpha/beta hydrolase fold  64.74 
 
 		 349 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2518  alpha/beta hydrolase fold protein  61.54 
 
 		 337 aa  434  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2254  epoxide hydrolase  69.31 
 
 		 347 aa  431  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2631  Alpha/beta hydrolase  61.72 
 
 		 347 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3572  alpha/beta hydrolase fold  62.87 
 
 		 346 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000126926  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1119  alpha/beta family hydrolase  62.97 
 
 		 348 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3842  alpha/beta hydrolase fold  70.69 
 
 		 347 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3508  alpha/beta hydrolase fold  61.28 
 
 		 347 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4010  alpha/beta hydrolase fold  61.72 
 
 		 347 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.719713 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5036  alpha/beta hydrolase fold protein  65.9 
 
 		 341 aa  424  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.071455  normal  0.316179 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2900  Alpha/beta hydrolase  57.68 
 
 		 347 aa  415  9.999999999999999e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7153  alpha/beta hydrolase fold  60.23 
 
 		 350 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.786966 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0075  twin-arginine translocation pathway signal  60.65 
 
 		 350 aa  413  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1295  epoxide hydrolase  68.75 
 
 		 453 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5144  alpha/beta hydrolase fold  66.03 
 
 		 347 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2941  alpha/beta fold family hydrolase  68.75 
 
 		 444 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.743767  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1476  alpha/beta hydrolase fold  57.51 
 
 		 345 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.479642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3067  alpha/beta fold family hydrolase  68.75 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3444  alpha/beta hydrolase fold  61.54 
 
 		 346 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5035  alpha/beta hydrolase fold protein  67.47 
 
 		 347 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373776  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5265  alpha/beta hydrolase fold  61.24 
 
 		 346 aa  401  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1059  alpha/beta hydrolase fold  57.14 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4005  alpha/beta hydrolase fold  61.36 
 
 		 347 aa  385  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.847091  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0326  alpha/beta hydrolase fold  58.16 
 
 		 336 aa  350  2e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.80633 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4231  alpha/beta hydrolase fold protein  57.33 
 
 		 364 aa  345  8.999999999999999e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0282585  normal  0.128374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7159  alpha/beta family hydrolase  54.64 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1702  alpha/beta hydrolase fold protein  51.56 
 
 		 307 aa  295  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5444  alpha/beta hydrolase fold protein  50.67 
 
 		 356 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2687  putative epoxide hydrolase  49.31 
 
 		 305 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00230666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3921  alpha/beta hydrolase fold protein  53.55 
 
 		 296 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5726  alpha/beta hydrolase fold protein  50 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2642  Alpha/beta hydrolase fold  48.59 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2274  alpha/beta hydrolase fold  48.1 
 
 		 293 aa  261  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.302124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1837  Alpha/beta hydrolase fold  45.24 
 
 		 299 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.67259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1437  alpha/beta hydrolase fold protein  45.23 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.130754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1740  alpha/beta hydrolase fold  46.71 
 
 		 308 aa  252  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21950  Alpha/beta hydrolase fold protein  37.94 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0666  alpha/beta hydrolase fold  34.26 
 
 		 310 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1145  alpha/beta hydrolase fold  34.26 
 
 		 310 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2530  alpha/beta hydrolase fold  36.88 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0814  alpha/beta hydrolase fold  37.46 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.425591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2043  alpha/beta hydrolase fold  38.36 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2401  alpha/beta hydrolase fold  36.4 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.174611  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1960  alpha/beta fold family hydrolase  35.82 
 
 		 298 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0277  alpha/beta fold family hydrolase  35.82 
 
 		 298 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000662668  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0954  alpha/beta fold family hydrolase  35.82 
 
 		 298 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0871  alpha/beta fold family hydrolase  35.82 
 
 		 298 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0997  alpha/beta fold family hydrolase  35.82 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1158  alpha/beta fold family hydrolase  35.46 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1004  alpha/beta fold family hydrolase  35.46 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12150  epoxide hydrolase  34.4 
 
 		 296 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0801  alpha/beta fold family hydrolase  36.04 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4707  alpha/beta hydrolase fold  33.22 
 
 		 293 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00298325  normal  0.911417 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26480  epoxide hydrolase protein  35.66 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0777582  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5813  Alpha/beta hydrolase  36.88 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2506  alpha/beta hydrolase fold  36.4 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.383324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1870  alpha/beta hydrolase fold  36.04 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2481  alpha/beta hydrolase fold  36.04 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.416218  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0095  alpha/beta hydrolase fold  26.21 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000119942  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4197  alpha/beta hydrolase fold protein  31.08 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.507155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6136  alpha/beta hydrolase fold protein  39.42 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.015637 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0373  haloacetate dehalogenase H-1  28.5 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1990  alpha/beta hydrolase fold  28.97 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0364  haloacetate dehalogenase H-1  28.5 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0366  haloacetate dehalogenase H-1  28.5 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2497  alpha/beta hydrolase fold  37.7 
 
 		 323 aa  75.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0402748  hitchhiker  0.0077142 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0146  alpha/beta hydrolase fold protein  36.76 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1960  alpha/beta hydrolase fold  27.36 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.877716  normal  0.140358 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4764  alpha/beta hydrolase fold  27.06 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1598  alpha/beta hydrolase fold protein  33.78 
 
 		 328 aa  70.9  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00288726 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3168  alpha/beta hydrolase fold  23.53 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2873  alpha/beta hydrolase fold  33.57 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.234426  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4002  alpha/beta hydrolase fold  30.46 
 
 		 351 aa  70.1  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.228982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1039  alpha/beta hydrolase fold protein  37.98 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0326  alpha/beta hydrolase fold protein  31.25 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00559412  normal  0.025641 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2926  alpha/beta hydrolase fold protein  37.5 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.557091  normal  0.933948 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2129  alpha/beta hydrolase fold protein  35.34 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.437649  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0115  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  35.06 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5330  haloalkane dehalogenase  32.03 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4298  alpha/beta hydrolase fold  36.92 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11967  epoxide hydrolase ephB  31.58 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.36863  normal  0.493708 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4949  haloalkane dehalogenase  32.03 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00300745  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1548  alpha/beta hydrolase fold  26.26 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.133161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5037  haloalkane dehalogenase  32.03 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.354901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1579  alpha/beta hydrolase fold protein  27.88 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0299453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>