More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5445 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5445  alpha/beta hydrolase fold protein  100 
 
 		 341 aa  696    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.237342  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6270  alpha/beta hydrolase fold protein  76.65 
 
 		 340 aa  532  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3910  alpha/beta hydrolase fold  66.38 
 
 		 348 aa  484  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.990373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6173  alpha/beta hydrolase fold  66.18 
 
 		 343 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6177  alpha/beta hydrolase fold  66.18 
 
 		 343 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2052  alpha/beta hydrolase fold  65.9 
 
 		 344 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111851  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5052  putative epoxide hydrolase  63.53 
 
 		 352 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2276  alpha/beta hydrolase fold protein  63.84 
 
 		 349 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.491211  normal  0.309577 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2518  alpha/beta hydrolase fold protein  64.31 
 
 		 337 aa  463  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2631  Alpha/beta hydrolase  63.98 
 
 		 347 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0075  twin-arginine translocation pathway signal  63.4 
 
 		 350 aa  462  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0813  alpha/beta hydrolase fold protein  74.23 
 
 		 350 aa  461  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.875256  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4010  alpha/beta hydrolase fold  68.81 
 
 		 347 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.719713 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2255  Alpha/beta hydrolase fold  64.55 
 
 		 347 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.257124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2386  Alpha/beta hydrolase fold  63.37 
 
 		 354 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.250689  unclonable  0.0000387671 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4572  alpha/beta hydrolase fold  66.27 
 
 		 349 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4736  twin-arginine translocation pathway signal  63.69 
 
 		 350 aa  455  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.874763  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2254  epoxide hydrolase  70.03 
 
 		 347 aa  457  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3572  alpha/beta hydrolase fold  63.91 
 
 		 346 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000126926  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3508  alpha/beta hydrolase fold  67.08 
 
 		 347 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7153  alpha/beta hydrolase fold  62.36 
 
 		 350 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.786966 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5546  alpha/beta hydrolase fold  62.65 
 
 		 346 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0934865 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5036  alpha/beta hydrolase fold protein  63.93 
 
 		 341 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.071455  normal  0.316179 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6836  alpha/beta hydrolase fold protein  62.87 
 
 		 345 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230039  normal  0.229752 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1476  alpha/beta hydrolase fold  61.81 
 
 		 345 aa  446  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.479642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5035  alpha/beta hydrolase fold protein  71.04 
 
 		 347 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373776  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0519  alpha/beta hydrolase fold  60.65 
 
 		 341 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1295  epoxide hydrolase  62.78 
 
 		 453 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2941  alpha/beta fold family hydrolase  62.78 
 
 		 444 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.743767  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5144  alpha/beta hydrolase fold  65.13 
 
 		 347 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3067  alpha/beta fold family hydrolase  62.78 
 
 		 456 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1119  alpha/beta family hydrolase  63.08 
 
 		 348 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3444  alpha/beta hydrolase fold  63.69 
 
 		 346 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2900  Alpha/beta hydrolase  61.16 
 
 		 347 aa  433  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3842  alpha/beta hydrolase fold  68.94 
 
 		 347 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5265  alpha/beta hydrolase fold  63.4 
 
 		 346 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1059  alpha/beta hydrolase fold  62.46 
 
 		 354 aa  411  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4005  alpha/beta hydrolase fold  63.95 
 
 		 347 aa  407  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.847091  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0326  alpha/beta hydrolase fold  58.72 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.80633 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4231  alpha/beta hydrolase fold protein  58.36 
 
 		 364 aa  358  9e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0282585  normal  0.128374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7159  alpha/beta family hydrolase  58.19 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1702  alpha/beta hydrolase fold protein  57.72 
 
 		 307 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2687  putative epoxide hydrolase  54.11 
 
 		 305 aa  301  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00230666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5726  alpha/beta hydrolase fold protein  53.24 
 
 		 304 aa  295  6e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2642  Alpha/beta hydrolase fold  50.68 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5444  alpha/beta hydrolase fold protein  50.5 
 
 		 356 aa  288  9e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3921  alpha/beta hydrolase fold protein  52.05 
 
 		 296 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2274  alpha/beta hydrolase fold  49.15 
 
 		 293 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.302124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1837  Alpha/beta hydrolase fold  50.35 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.67259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1740  alpha/beta hydrolase fold  48.44 
 
 		 308 aa  269  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1437  alpha/beta hydrolase fold protein  46.44 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.130754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21950  Alpha/beta hydrolase fold protein  38.91 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2043  alpha/beta hydrolase fold  41.75 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0277  alpha/beta fold family hydrolase  37.23 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000662668  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1960  alpha/beta fold family hydrolase  37.23 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0954  alpha/beta fold family hydrolase  37.23 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0871  alpha/beta fold family hydrolase  37.23 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0997  alpha/beta fold family hydrolase  37.23 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1158  alpha/beta fold family hydrolase  37.23 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1004  alpha/beta fold family hydrolase  37.23 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0666  alpha/beta hydrolase fold  34.81 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12150  epoxide hydrolase  37.06 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1145  alpha/beta hydrolase fold  34.81 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0814  alpha/beta hydrolase fold  37.59 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.425591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0801  alpha/beta fold family hydrolase  36.75 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2530  alpha/beta hydrolase fold  36.88 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2401  alpha/beta hydrolase fold  35.31 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.174611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2506  alpha/beta hydrolase fold  39.01 
 
 		 296 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.383324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4707  alpha/beta hydrolase fold  34.04 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00298325  normal  0.911417 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1870  alpha/beta hydrolase fold  38.65 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2481  alpha/beta hydrolase fold  38.65 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.416218  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26480  epoxide hydrolase protein  34.74 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0777582  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5813  Alpha/beta hydrolase  37.23 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0095  alpha/beta hydrolase fold  27.46 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000119942  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1990  alpha/beta hydrolase fold  29.25 
 
 		 308 aa  90.1  5e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1548  alpha/beta hydrolase fold  27.61 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.133161  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4764  alpha/beta hydrolase fold  29.24 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3168  alpha/beta hydrolase fold  26.92 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2873  alpha/beta hydrolase fold  28.28 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.234426  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1960  alpha/beta hydrolase fold  27.4 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.877716  normal  0.140358 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2129  alpha/beta hydrolase fold protein  35.95 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.437649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3187  Alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.162983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2497  alpha/beta hydrolase fold  35.04 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0402748  hitchhiker  0.0077142 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4197  alpha/beta hydrolase fold protein  29.28 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.507155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6136  alpha/beta hydrolase fold protein  27.82 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.015637 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0524  alpha/beta hydrolase fold protein  26.67 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1579  alpha/beta hydrolase fold protein  31.53 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0299453  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0971  alpha/beta hydrolase fold  28.46 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.419723 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4328  alpha/beta hydrolase fold protein  32.68 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2860  putative epoxide hydrolase  33.59 
 
 		 334 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0146  alpha/beta hydrolase fold protein  33.82 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  37.5 
 
 		 264 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0326  alpha/beta hydrolase fold protein  26.45 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00559412  normal  0.025641 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1598  alpha/beta hydrolase fold protein  33.33 
 
 		 328 aa  70.9  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00288726 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0881  alpha/beta hydrolase fold protein  28 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.415782 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2926  alpha/beta hydrolase fold protein  35.4 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.557091  normal  0.933948 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3843  alpha/beta hydrolase fold  39.81 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0547  twin-arginine translocation pathway signal  37.8 
 
 		 356 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4288  alpha/beta hydrolase fold protein  27.89 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.262225  normal  0.18848 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1819  alpha/beta hydrolase fold  24.85 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.091231  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>