More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5456 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  100 
 
 		 368 aa  740    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  42.38 
 
 		 356 aa  259  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  41.87 
 
 		 354 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  37.36 
 
 		 342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  39.17 
 
 		 360 aa  240  4e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  41.67 
 
 		 356 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  41.71 
 
 		 353 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39 
 
 		 356 aa  232  7.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5122  transcriptional regulator, LacI family  40.88 
 
 		 356 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.135885 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  39.95 
 
 		 365 aa  225  9e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 348 aa  219  7.999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.8 
 
 		 335 aa  216  7e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  35.47 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.49 
 
 		 342 aa  211  1e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27690  transcriptional regulator  40.18 
 
 		 361 aa  211  2e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.67 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 330 aa  206  6e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.77 
 
 		 336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  37.82 
 
 		 326 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.15 
 
 		 340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.39 
 
 		 331 aa  195  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  29.21 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.09 
 
 		 330 aa  194  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  36.03 
 
 		 346 aa  193  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  28.65 
 
 		 339 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 349 aa  192  7e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.62 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.73 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  31.65 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 334 aa  189  8e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  34.56 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 353 aa  186  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.11 
 
 		 353 aa  185  9e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.79 
 
 		 356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.56 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  33.99 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.01 
 
 		 342 aa  183  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.01 
 
 		 342 aa  183  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.85 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 336 aa  182  9.000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.3 
 
 		 348 aa  182  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  32.68 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.21 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  34.93 
 
 		 355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  32.41 
 
 		 333 aa  180  4e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.17 
 
 		 342 aa  180  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  32.48 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.48 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.07 
 
 		 368 aa  179  9e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  34.82 
 
 		 348 aa  178  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  35.98 
 
 		 337 aa  178  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  33.15 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.16 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.88 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.48 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.19 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.25 
 
 		 353 aa  177  4e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.25 
 
 		 332 aa  177  4e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.62 
 
 		 336 aa  176  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  35.24 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.19 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 337 aa  176  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  32.1 
 
 		 338 aa  176  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  32.19 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.39 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.39 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.91 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  31.91 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.39 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.91 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  31.91 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.39 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.39 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  31.91 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.39 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.39 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.39 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  34.65 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  30.81 
 
 		 361 aa  173  5.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.02 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.55 
 
 		 338 aa  172  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  33.7 
 
 		 349 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  29.41 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.44 
 
 		 338 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.87 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  34.18 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.17 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.77 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  33.43 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.77 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.17 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.02 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.22 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.77 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.77 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>