More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3492 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 256 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2263  short chain dehydrogenase  67.06 
 
 		 255 aa  330  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00829126  normal  0.0703688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  67.84 
 
 		 255 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  64.31 
 
 		 254 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  62.02 
 
 		 254 aa  294  8e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  62.02 
 
 		 254 aa  294  8e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  62.02 
 
 		 254 aa  294  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  63.14 
 
 		 254 aa  293  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  62.02 
 
 		 254 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  63.18 
 
 		 255 aa  292  4e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  61.02 
 
 		 258 aa  287  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  58.43 
 
 		 254 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  58.91 
 
 		 255 aa  276  3e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  57.25 
 
 		 254 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  59.36 
 
 		 252 aa  269  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3234  short chain dehydrogenase  62.2 
 
 		 257 aa  267  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.458923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  56.92 
 
 		 253 aa  261  6.999999999999999e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2587  short chain dehydrogenase  62.2 
 
 		 257 aa  259  3e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  57.2 
 
 		 249 aa  258  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1734  short chain dehydrogenase  53.33 
 
 		 249 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.747593  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0751  short chain dehydrogenase  54.55 
 
 		 250 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.450614  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2039  short chain dehydrogenase  54.11 
 
 		 250 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  42.57 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 		 248 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 		 250 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 		 282 aa  175  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.2 
 
 		 246 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 		 267 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 		 256 aa  171  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.49 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.2 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 		 253 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  43.43 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 		 250 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 		 257 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 		 252 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.25 
 
 		 249 aa  168  8e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 		 252 aa  165  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 253 aa  164  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  40.87 
 
 		 261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 		 267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 		 276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 		 283 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 		 258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  42.25 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 		 257 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 249 aa  162  7e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  41.27 
 
 		 261 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 258 aa  161  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 258 aa  161  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  40.16 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 258 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  40.87 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 		 281 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  40.48 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 		 253 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  42.25 
 
 		 269 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 248 aa  159  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 		 261 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  40.48 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  40.48 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 251 aa  159  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 		 253 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  40.08 
 
 		 261 aa  158  7e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  40.08 
 
 		 261 aa  158  7e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 251 aa  158  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 		 251 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  40.39 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 254 aa  156  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.76 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.838313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>