More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2564 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 380 aa  766    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  79.68 
 
 		 376 aa  608  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  78.93 
 
 		 376 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  77.51 
 
 		 381 aa  589  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  68.77 
 
 		 375 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  70.25 
 
 		 378 aa  499  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  69.42 
 
 		 378 aa  490  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  69.42 
 
 		 378 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  61.52 
 
 		 371 aa  431  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  58.06 
 
 		 377 aa  428  1e-119  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  59.08 
 
 		 382 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  60.39 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  59.95 
 
 		 373 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  60.49 
 
 		 372 aa  412  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.39 
 
 		 594 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  57.78 
 
 		 382 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  61.94 
 
 		 615 aa  413  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  61.8 
 
 		 579 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.13 
 
 		 593 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  58.81 
 
 		 381 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.47 
 
 		 604 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  57.22 
 
 		 382 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.96 
 
 		 579 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  56.69 
 
 		 382 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  56.79 
 
 		 370 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  56.79 
 
 		 370 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  57.53 
 
 		 383 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  57.73 
 
 		 370 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 383 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  58.04 
 
 		 383 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  60.11 
 
 		 367 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  59.22 
 
 		 379 aa  385  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  55.68 
 
 		 370 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  56.44 
 
 		 385 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  55.62 
 
 		 369 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  55.62 
 
 		 368 aa  362  7.0000000000000005e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  52.76 
 
 		 369 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  51.94 
 
 		 369 aa  326  4.0000000000000003e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  49.31 
 
 		 364 aa  322  5e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  49.31 
 
 		 364 aa  322  5e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 591 aa  318  7.999999999999999e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  49.44 
 
 		 366 aa  312  4.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  46.8 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  48.62 
 
 		 359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  48.88 
 
 		 361 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  49.58 
 
 		 365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  48.87 
 
 		 368 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  48.6 
 
 		 368 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  48.61 
 
 		 367 aa  301  9e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  47.77 
 
 		 552 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  47.27 
 
 		 374 aa  300  2e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  49.58 
 
 		 365 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  49.31 
 
 		 376 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  48.47 
 
 		 367 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  48.08 
 
 		 367 aa  299  4e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  49.31 
 
 		 365 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 364 aa  299  5e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  46.49 
 
 		 364 aa  297  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  45.53 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 359 aa  297  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  45.38 
 
 		 359 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  49.45 
 
 		 366 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  47.73 
 
 		 361 aa  292  5e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  45.5 
 
 		 359 aa  293  5e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  45.83 
 
 		 354 aa  292  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  44.41 
 
 		 359 aa  291  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  44.82 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  49.01 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  48.06 
 
 		 367 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  45.23 
 
 		 358 aa  290  4e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  43.17 
 
 		 366 aa  289  4e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  43.17 
 
 		 366 aa  289  4e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  42.54 
 
 		 359 aa  289  6e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  47.85 
 
 		 359 aa  288  8e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  45.08 
 
 		 361 aa  288  8e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  45.78 
 
 		 359 aa  288  8e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  45.33 
 
 		 368 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  45 
 
 		 369 aa  288  1e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  45.23 
 
 		 358 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20809  3-dehydroquinate synthase  43.7 
 
 		 431 aa  288  2e-76  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  44.96 
 
 		 358 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 373 aa  286  2.9999999999999996e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  42.74 
 
 		 367 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  42.03 
 
 		 364 aa  286  5.999999999999999e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 363 aa  285  9e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  46.49 
 
 		 368 aa  285  9e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  45.5 
 
 		 368 aa  285  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  42.93 
 
 		 365 aa  285  9e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  46.56 
 
 		 361 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  46.28 
 
 		 361 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  44.41 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  44.69 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 362 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  45.85 
 
 		 350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  43.68 
 
 		 368 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  43.99 
 
 		 368 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  45.38 
 
 		 362 aa  282  7.000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 362 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 362 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 362 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>