More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2080 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2080  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 407 aa  833    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1895  AraC family transcriptional regulator  93.45 
 
 		 407 aa  773    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.375794  normal  0.452206 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2519  AraC family transcriptional regulator  72.3 
 
 		 383 aa  570  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2205  AraC family transcriptional regulator  71.32 
 
 		 392 aa  555  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2113  transcriptional regulator, AraC family  63.64 
 
 		 359 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0135446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2350  AraC family transcriptional regulator  73.98 
 
 		 130 aa  186  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2125  helix-turn-helix domain-containing protein  73.17 
 
 		 130 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2234  helix-turn-helix domain-containing protein  80.81 
 
 		 99 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.440847  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 341 aa  97.1  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02396  transcriptional regulator, AraC family protein  31.1 
 
 		 450 aa  88.2  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.372972  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 339 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04940  Transcriptional regulator, AraC family  35.12 
 
 		 344 aa  82.8  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.543435  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3244  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.479288  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4066  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.138885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2932  AraC family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 353 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1537  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 339 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 364 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 331 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 345 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1531  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1471  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 355 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  24.94 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 357 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 339 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  47.5 
 
 		 347 aa  71.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 353 aa  70.5  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  40.7 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 364 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4002  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 361 aa  69.3  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.24994 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 336 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 340 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 344 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  43.62 
 
 		 341 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 356 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 338 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  41.56 
 
 		 338 aa  67  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 356 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  40.74 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 344 aa  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 327 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 330 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  41.86 
 
 		 396 aa  66.2  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  28.26 
 
 		 333 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  41.25 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  38.05 
 
 		 357 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  44.71 
 
 		 344 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1661  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 345 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  40 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  44.16 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 353 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 		 337 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 337 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 372 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 327 aa  63.2  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 345 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 327 aa  62.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  40.74 
 
 		 330 aa  62.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 331 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 366 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 336 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 337 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 336 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>