More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2964 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2964  beta-lactamase  100 
 
 		 380 aa  776    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0904  beta-lactamase  34.13 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0914  hypothetical protein  34.25 
 
 		 398 aa  212  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0756  beta-lactamase  35.84 
 
 		 394 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.337728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3266  beta-lactamase  36.55 
 
 		 397 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3369  beta-lactamase  35.49 
 
 		 397 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0856  beta-lactamase  35.36 
 
 		 399 aa  202  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.550163  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3184  beta-lactamase  36.14 
 
 		 389 aa  202  9e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3516  beta-lactamase  37.93 
 
 		 465 aa  159  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2619  hypothetical protein  36.08 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0606366  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5107  beta-lactamase  32.05 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434559  normal  0.256673 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4697  beta-lactamase  27.76 
 
 		 345 aa  113  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.168974  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2616  beta-lactamase  28.53 
 
 		 353 aa  96.7  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37770  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  26.57 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.269534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2650  beta-lactamase  26.52 
 
 		 497 aa  80.9  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0361544  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5985  beta-lactamase  25.57 
 
 		 342 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3872  beta-lactamase  24.08 
 
 		 375 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  29.41 
 
 		 356 aa  78.2  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1876  beta-lactamase  24.51 
 
 		 493 aa  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3512  beta-lactamase  27.27 
 
 		 364 aa  76.3  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2736  beta-lactamase  23.84 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416885  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2469  penicillin-binding protein  25.62 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.242822  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2394  penicillin-binding protein  25.86 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.70958  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2650  penicillin-binding protein  25.62 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2433  penicillin-binding protein  25.62 
 
 		 340 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0197006  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2668  penicillin-binding protein  25.62 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162016 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  28.61 
 
 		 578 aa  73.9  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2632  penicillin-binding protein  24.68 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.149759  decreased coverage  0.000000240236 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2208  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.42 
 
 		 442 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.474098  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2638  beta-lactamase  26.42 
 
 		 445 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4110  beta-lactamase  25 
 
 		 379 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1832  beta-lactamase  34.69 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.29245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4152  beta-lactamase  23.58 
 
 		 378 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0848463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2721  penicillin-binding protein  25 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0897232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2679  penicillin-binding protein  24.27 
 
 		 341 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2742  beta-lactamase  23.37 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0750006  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1771  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  23.6 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.1791 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5013  alkaline D-peptidase  24.06 
 
 		 374 aa  70.1  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394865  normal  0.0638413 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2415  beta-lactamase  24.75 
 
 		 442 aa  69.7  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0834226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  27.97 
 
 		 487 aa  69.7  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1551  beta-lactamase  24.45 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.345066  normal  0.407276 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1351  beta-lactamase class C-like protein  26.71 
 
 		 384 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.512666 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  24.61 
 
 		 450 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1936  beta-lactamase  27.83 
 
 		 848 aa  69.3  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.178754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0863  beta-lactamase  26.55 
 
 		 363 aa  68.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4174  beta-lactamase  25 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000652338  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2921  beta-lactamase class C-like protein  24.5 
 
 		 451 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.154271 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2357  beta-lactamase  23.63 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  23.37 
 
 		 446 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3294  penicillin-binding protein  26.01 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678008  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3554  penicillin-binding protein  26.01 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3518  putative penicillin-binding protein  25.33 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1777  beta-lactamase  26.87 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00484911  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3511  putative penicillin-binding protein  26.01 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2294  penicillin-binding protein, putative  23.13 
 
 		 434 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.272122  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0439  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.06 
 
 		 392 aa  67  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.919528 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5306  beta-lactamase  26.24 
 
 		 411 aa  67  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  27.38 
 
 		 513 aa  67  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3287  beta-lactamase  26.57 
 
 		 463 aa  67  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0209216 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  28.22 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2177  beta-lactamase  25.33 
 
 		 543 aa  66.6  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.816506 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3688  beta-lactamase  25.33 
 
 		 543 aa  66.6  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.011807 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3210  beta-lactamase  24.54 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.767379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3498  beta-lactamase  24.35 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1086  beta-lactamase  22.45 
 
 		 378 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3264  beta-lactamase  26.37 
 
 		 377 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.664291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2573  beta-lactamase  25.09 
 
 		 476 aa  65.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.369136  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3208  beta-lactamase  26.84 
 
 		 377 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0230735  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3061  beta-lactamase  23.67 
 
 		 351 aa  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.502148  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0606  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.91 
 
 		 438 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3507  penicillin-binding protein, putative  26.07 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1520  Beta-lactamase  24.73 
 
 		 537 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000638983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3053  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.51 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1923  beta-lactamase  24.7 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  26.05 
 
 		 740 aa  64.3  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2539  beta-lactamase  27.97 
 
 		 567 aa  64.7  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.470437  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2312  beta-lactamase  23 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  25.17 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4765  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  24.78 
 
 		 514 aa  64.3  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.263187 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  26.42 
 
 		 416 aa  63.9  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0939  beta-lactamase  27.16 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.18746 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1788  beta-lactamase  25 
 
 		 560 aa  63.5  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.358741  normal  0.761746 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1750  beta-lactamase  25 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.339251  normal  0.99151 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4280  beta-lactamase  24.76 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  26.42 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3032  beta-lactamase  34.23 
 
 		 507 aa  63.2  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.436003 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5150  beta-lactamase  23.22 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.654906 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  25.87 
 
 		 388 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4519  beta-lactamase  23.29 
 
 		 451 aa  62.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.302372  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  24.83 
 
 		 388 aa  62.4  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  23.73 
 
 		 381 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  24.83 
 
 		 389 aa  62.4  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  24.83 
 
 		 388 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  24.83 
 
 		 388 aa  62.4  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  24.57 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0488  beta-lactamase  25.41 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2768  beta-lactamase  28.9 
 
 		 483 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  26.59 
 
 		 388 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2389  cyclic peptide transporter  22.13 
 
 		 1032 aa  61.6  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.14 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>