210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1520 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1520  ribonuclease T  100 
 
 		 257 aa  531  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0577175  normal  0.681349 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1850  ribonuclease T  86.43 
 
 		 223 aa  401  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000591528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  87.39 
 
 		 222 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2755  ribonuclease T  84.93 
 
 		 222 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1778  ribonuclease T  85.12 
 
 		 223 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000746493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1735  ribonuclease T  85.12 
 
 		 223 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1739  ribonuclease T  85.12 
 
 		 223 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000763816  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2545  ribonuclease T  85.12 
 
 		 223 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000125683  hitchhiker  0.0000000175262 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1397  ribonuclease T  84.58 
 
 		 226 aa  385  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000120149  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2540  ribonuclease T  84.47 
 
 		 222 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2571  ribonuclease T  81.94 
 
 		 232 aa  381  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000796721  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2375  ribonuclease T  84.23 
 
 		 222 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000351163  normal  0.329752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2447  ribonuclease T  84.23 
 
 		 222 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000116461  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  80.73 
 
 		 221 aa  375  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2093  ribonuclease T  80.82 
 
 		 258 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000154544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1600  ribonuclease T  82.81 
 
 		 224 aa  366  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000738709  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2568  ribonuclease T  69.27 
 
 		 226 aa  313  9.999999999999999e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0527  ribonuclease T  68.44 
 
 		 243 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000101499  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2199  ribonuclease T  69.81 
 
 		 226 aa  312  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.595371  hitchhiker  0.00000581969 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1868  ribonuclease T  68.98 
 
 		 226 aa  311  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.216303  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002938  ribonuclease T  72.68 
 
 		 214 aa  309  2e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000394372  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02991  ribonuclease T  73.17 
 
 		 214 aa  310  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1759  ribonuclease T  68.84 
 
 		 215 aa  310  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523182  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1531  ribonuclease T  69.3 
 
 		 215 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1740  ribonuclease T  69.3 
 
 		 215 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00194443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1909  ribonuclease T  69.3 
 
 		 215 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1604  ribonuclease T  69.3 
 
 		 215 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2385  ribonuclease T  66.96 
 
 		 223 aa  308  5e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0167921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1719  ribonuclease T  70.14 
 
 		 226 aa  308  5.9999999999999995e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00130888  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1794  ribonuclease T  70.81 
 
 		 224 aa  308  5.9999999999999995e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109049  normal  0.0279286 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1988  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01622  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0540348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01612  hypothetical protein  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0578049  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1544  ribonuclease T  68.84 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1863  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.135732  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1729  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1844  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1546  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  0.657229 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2364  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1977  ribonuclease T  69.16 
 
 		 215 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170755  hitchhiker  0.00113879 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2669  ribonuclease T  66.52 
 
 		 223 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134256  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1687  ribonuclease T  69.63 
 
 		 225 aa  305  5.0000000000000004e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  66.99 
 
 		 231 aa  301  6.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1862  ribonuclease T  68.37 
 
 		 221 aa  299  3e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  67.5 
 
 		 210 aa  289  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1399  ribonuclease T  65.33 
 
 		 211 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415119  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  65.02 
 
 		 218 aa  285  2.9999999999999996e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2450  ribonuclease T  65.67 
 
 		 207 aa  285  4e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299626  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0085  ribonuclease T  63.85 
 
 		 218 aa  281  6.000000000000001e-75  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.169544  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1531  ribonuclease T  59.46 
 
 		 222 aa  275  5e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.197134  normal  0.241323 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  60.5 
 
 		 224 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  60.5 
 
 		 224 aa  264  8e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2128  ribonuclease T  59.01 
 
 		 221 aa  264  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  60 
 
 		 224 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  60 
 
 		 224 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  60 
 
 		 224 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  62.56 
 
 		 224 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2506  ribonuclease T  60.7 
 
 		 221 aa  258  6e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  60.1 
 
 		 203 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  59.5 
 
 		 225 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  59.5 
 
 		 224 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  59 
 
 		 225 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  59.09 
 
 		 202 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  59.39 
 
 		 231 aa  248  6e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  51.58 
 
 		 216 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  51.49 
 
 		 216 aa  232  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  52 
 
 		 274 aa  230  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  53.74 
 
 		 239 aa  227  1e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000360038  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  52.07 
 
 		 246 aa  224  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  53 
 
 		 226 aa  223  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0350  ribonuclease T  48.24 
 
 		 228 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42903 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2077  ribonuclease T  52.31 
 
 		 209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3036  ribonuclease T  51.01 
 
 		 207 aa  212  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0597  ribonuclease T  52.33 
 
 		 207 aa  211  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0238382  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2894  ribonuclease T  50.51 
 
 		 207 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  50.52 
 
 		 194 aa  201  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  49.75 
 
 		 241 aa  198  9e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0427  ribonuclease T  53.65 
 
 		 201 aa  196  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  hitchhiker  0.000000000415989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0251  ribonuclease T  53.65 
 
 		 201 aa  196  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  47.15 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  46.67 
 
 		 210 aa  186  2e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  46.67 
 
 		 210 aa  186  3e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  46.35 
 
 		 211 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  25.96 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  31.05 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  27.6 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  29.1 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  30.53 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  30.53 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.55 
 
 		 1440 aa  61.2  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  27.42 
 
 		 1436 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  27.42 
 
 		 1438 aa  56.2  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  28.04 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  27.42 
 
 		 1438 aa  56.2  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  27.51 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  28.17 
 
 		 242 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>