169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2385 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2385  ribonuclease T  100 
 
 		 223 aa  462  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0167921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2669  ribonuclease T  95.96 
 
 		 223 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2199  ribonuclease T  88.15 
 
 		 226 aa  393  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.595371  hitchhiker  0.00000581969 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1719  ribonuclease T  87.62 
 
 		 226 aa  393  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00130888  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1868  ribonuclease T  85.05 
 
 		 226 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.216303  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2568  ribonuclease T  85.05 
 
 		 226 aa  384  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1759  ribonuclease T  85.05 
 
 		 215 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523182  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1687  ribonuclease T  83.49 
 
 		 225 aa  382  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1794  ribonuclease T  80.57 
 
 		 224 aa  367  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109049  normal  0.0279286 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1988  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  363  1e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1544  ribonuclease T  78.04 
 
 		 215 aa  362  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1909  ribonuclease T  79.15 
 
 		 215 aa  362  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01622  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0540348  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1977  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170755  hitchhiker  0.00113879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1844  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2364  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1863  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.135732  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1546  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  0.657229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01612  hypothetical protein  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0578049  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1604  ribonuclease T  79.15 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1740  ribonuclease T  79.15 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00194443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1531  ribonuclease T  79.15 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1729  ribonuclease T  79.81 
 
 		 215 aa  362  3e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0085  ribonuclease T  71.98 
 
 		 218 aa  326  2.0000000000000001e-88  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.169544  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  71.56 
 
 		 222 aa  325  5e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2755  ribonuclease T  68.16 
 
 		 222 aa  318  5e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2540  ribonuclease T  67.71 
 
 		 222 aa  315  3e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2375  ribonuclease T  67.71 
 
 		 222 aa  314  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000351163  normal  0.329752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2447  ribonuclease T  67.71 
 
 		 222 aa  314  6e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000116461  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1778  ribonuclease T  69.86 
 
 		 223 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000746493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2545  ribonuclease T  69.86 
 
 		 223 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000125683  hitchhiker  0.0000000175262 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1739  ribonuclease T  69.86 
 
 		 223 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000763816  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1735  ribonuclease T  69.86 
 
 		 223 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2093  ribonuclease T  68.35 
 
 		 258 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000154544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1397  ribonuclease T  69.3 
 
 		 226 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000120149  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0527  ribonuclease T  71.43 
 
 		 243 aa  309  2.9999999999999997e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000101499  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1520  ribonuclease T  66.96 
 
 		 257 aa  308  4e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0577175  normal  0.681349 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1850  ribonuclease T  65.77 
 
 		 223 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000591528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2571  ribonuclease T  65.47 
 
 		 232 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000796721  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1600  ribonuclease T  69.38 
 
 		 224 aa  300  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000738709  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002938  ribonuclease T  70.24 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000394372  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1862  ribonuclease T  69.9 
 
 		 221 aa  297  7e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02991  ribonuclease T  69.27 
 
 		 214 aa  296  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  65.45 
 
 		 221 aa  293  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  65.52 
 
 		 218 aa  293  2e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  67.5 
 
 		 210 aa  292  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  65.38 
 
 		 231 aa  288  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2128  ribonuclease T  61.36 
 
 		 221 aa  275  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2450  ribonuclease T  64.53 
 
 		 207 aa  276  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299626  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1531  ribonuclease T  62.74 
 
 		 222 aa  267  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.197134  normal  0.241323 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1399  ribonuclease T  61.31 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415119  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  62.63 
 
 		 224 aa  265  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  58.11 
 
 		 231 aa  264  7e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2506  ribonuclease T  60.29 
 
 		 221 aa  263  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  61.62 
 
 		 202 aa  262  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  61.11 
 
 		 224 aa  258  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  60.1 
 
 		 224 aa  257  9e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  60.61 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  60.1 
 
 		 224 aa  256  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  60.61 
 
 		 224 aa  254  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  60.61 
 
 		 224 aa  254  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  60.61 
 
 		 203 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  60.1 
 
 		 225 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  60.61 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  55.28 
 
 		 216 aa  239  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  55.02 
 
 		 216 aa  238  5.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2077  ribonuclease T  55.5 
 
 		 209 aa  234  8e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  54.63 
 
 		 226 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0597  ribonuclease T  56.12 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0238382  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0251  ribonuclease T  59.49 
 
 		 201 aa  221  9e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0427  ribonuclease T  59.49 
 
 		 201 aa  221  9e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  hitchhiker  0.000000000415989 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  54.07 
 
 		 274 aa  219  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  53.5 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000360038  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0350  ribonuclease T  50.25 
 
 		 228 aa  216  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42903 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  52.5 
 
 		 246 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  52.06 
 
 		 194 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3036  ribonuclease T  50.51 
 
 		 207 aa  205  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2894  ribonuclease T  50 
 
 		 207 aa  204  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  49.48 
 
 		 211 aa  196  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  50.24 
 
 		 241 aa  195  4.0000000000000005e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  45.96 
 
 		 224 aa  191  8e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  48.44 
 
 		 210 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  48.44 
 
 		 210 aa  187  2e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.55 
 
 		 1440 aa  61.2  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  27.75 
 
 		 1402 aa  56.2  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  25.81 
 
 		 1436 aa  55.1  0.0000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  25.81 
 
 		 1438 aa  53.5  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  25.81 
 
 		 1438 aa  53.5  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  25.63 
 
 		 1390 aa  53.9  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  26.92 
 
 		 242 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  28.73 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.12 
 
 		 180 aa  52  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  27.04 
 
 		 242 aa  52  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.32 
 
 		 590 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  26.23 
 
 		 1433 aa  50.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  25.97 
 
 		 240 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 		 1433 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 		 1433 aa  49.3  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 		 1433 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 		 1433 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>