189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1868 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A2568  ribonuclease T  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1868  ribonuclease T  100 
 
 
226 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.216303  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1759  ribonuclease T  100 
 
 
215 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523182  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2199  ribonuclease T  86.73 
 
 
226 aa  415  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.595371  hitchhiker  0.00000581969 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2669  ribonuclease T  85.51 
 
 
223 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2385  ribonuclease T  85.05 
 
 
223 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0167921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1719  ribonuclease T  82.78 
 
 
226 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00130888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01622  ribonuclease T  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0540348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01612  hypothetical protein  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0578049  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1844  ribonuclease T  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1604  ribonuclease T  80.48 
 
 
215 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1740  ribonuclease T  80.48 
 
 
215 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00194443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1531  ribonuclease T  80.48 
 
 
215 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1546  ribonuclease T  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  0.657229 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1909  ribonuclease T  80.48 
 
 
215 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2364  ribonuclease T  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087389  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1794  ribonuclease T  79.25 
 
 
224 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109049  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1977  ribonuclease T  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170755  hitchhiker  0.00113879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1863  ribonuclease T  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.135732  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1544  ribonuclease T  80.48 
 
 
215 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1729  ribonuclease T  79.81 
 
 
215 aa  365  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1988  ribonuclease T  79.34 
 
 
215 aa  362  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1687  ribonuclease T  79.81 
 
 
225 aa  363  2e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  72.9 
 
 
222 aa  323  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2755  ribonuclease T  71.76 
 
 
222 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0085  ribonuclease T  71.98 
 
 
218 aa  320  9.999999999999999e-87  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.169544  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2540  ribonuclease T  71.76 
 
 
222 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2375  ribonuclease T  71.76 
 
 
222 aa  318  6e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000351163  normal  0.329752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2447  ribonuclease T  71.76 
 
 
222 aa  318  6e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000116461  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2545  ribonuclease T  69.77 
 
 
223 aa  318  6e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000125683  hitchhiker  0.0000000175262 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1739  ribonuclease T  69.77 
 
 
223 aa  318  6e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000763816  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1778  ribonuclease T  69.77 
 
 
223 aa  318  6e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000746493  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1735  ribonuclease T  69.77 
 
 
223 aa  318  6e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2093  ribonuclease T  70.56 
 
 
258 aa  317  9e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000154544  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1520  ribonuclease T  68.98 
 
 
257 aa  311  3.9999999999999997e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0577175  normal  0.681349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2571  ribonuclease T  69.3 
 
 
232 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000796721  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1850  ribonuclease T  70.81 
 
 
223 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000591528  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1397  ribonuclease T  69.95 
 
 
226 aa  310  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000120149  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0527  ribonuclease T  70.95 
 
 
243 aa  302  2.0000000000000002e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000101499  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1600  ribonuclease T  70.75 
 
 
224 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000738709  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1862  ribonuclease T  69.52 
 
 
221 aa  296  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  66.51 
 
 
221 aa  294  6e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02991  ribonuclease T  68.57 
 
 
214 aa  293  2e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  64.11 
 
 
218 aa  292  2e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002938  ribonuclease T  67.62 
 
 
214 aa  291  6e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000394372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  65.5 
 
 
210 aa  287  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  64.25 
 
 
231 aa  284  8e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2450  ribonuclease T  63.86 
 
 
207 aa  273  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299626  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2128  ribonuclease T  62.04 
 
 
221 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1399  ribonuclease T  61.19 
 
 
211 aa  272  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415119  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1531  ribonuclease T  62.62 
 
 
222 aa  267  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.197134  normal  0.241323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  61.62 
 
 
225 aa  265  5e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  62.12 
 
 
224 aa  263  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  61.62 
 
 
224 aa  262  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2506  ribonuclease T  60.78 
 
 
221 aa  262  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  60.1 
 
 
224 aa  262  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  61.11 
 
 
225 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  60.61 
 
 
202 aa  261  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  57.01 
 
 
224 aa  261  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  57.55 
 
 
231 aa  261  8e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  60.1 
 
 
224 aa  261  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  60.61 
 
 
224 aa  258  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  60.61 
 
 
203 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  60.61 
 
 
224 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  55.02 
 
 
216 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  55.22 
 
 
216 aa  238  5e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2077  ribonuclease T  57.44 
 
 
209 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  55.12 
 
 
226 aa  229  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  54.5 
 
 
239 aa  226  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000360038  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  55.9 
 
 
274 aa  221  6e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109903  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  53.5 
 
 
246 aa  221  7e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0597  ribonuclease T  55.1 
 
 
207 aa  219  3e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0238382  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0427  ribonuclease T  57.43 
 
 
201 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  hitchhiker  0.000000000415989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0251  ribonuclease T  57.43 
 
 
201 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0350  ribonuclease T  49.25 
 
 
228 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42903 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  53.09 
 
 
194 aa  211  9e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3036  ribonuclease T  50.51 
 
 
207 aa  206  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2894  ribonuclease T  50 
 
 
207 aa  205  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  50.52 
 
 
211 aa  201  5e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  50.73 
 
 
241 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  48.48 
 
 
224 aa  197  7.999999999999999e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  49.48 
 
 
210 aa  191  5e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  49.48 
 
 
210 aa  191  8e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  27.08 
 
 
1436 aa  60.1  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  32.45 
 
 
1440 aa  60.8  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.64 
 
 
1390 aa  60.1  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  27.08 
 
 
1438 aa  58.5  0.00000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  27.08 
 
 
1438 aa  58.5  0.00000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.84 
 
 
233 aa  55.5  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  29.1 
 
 
242 aa  55.5  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.49 
 
 
1407 aa  55.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  28.11 
 
 
236 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  27.62 
 
 
242 aa  53.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  28.64 
 
 
231 aa  53.1  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 
232 aa  52.4  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.41 
 
 
609 aa  50.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  29.05 
 
 
277 aa  50.4  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.32 
 
 
234 aa  50.1  0.00003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 
230 aa  49.7  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.66 
 
 
1433 aa  49.3  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>