More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3175 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  100 
 
 		 262 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  64.91 
 
 		 263 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  58.17 
 
 		 251 aa  319  3e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  60.15 
 
 		 254 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  60.84 
 
 		 254 aa  310  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  56.65 
 
 		 251 aa  293  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  51.33 
 
 		 252 aa  280  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  39.34 
 
 		 272 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  39.44 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  40.43 
 
 		 223 aa  98.6  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  36.62 
 
 		 225 aa  94  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  35.17 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  35.17 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  38.97 
 
 		 220 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  29.29 
 
 		 236 aa  88.6  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  37.86 
 
 		 143 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  35.37 
 
 		 150 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  36 
 
 		 148 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  28.73 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  36 
 
 		 148 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  35.62 
 
 		 148 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  35.62 
 
 		 148 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  34.38 
 
 		 161 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  34.09 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  36.99 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  36.99 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  34.93 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  36.99 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  34.93 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  34.93 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  34.48 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  38.26 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  34.16 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  35.22 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  38.22 
 
 		 152 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  35.1 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2527  RNase HI  38.93 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  35.1 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  34.25 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  29.71 
 
 		 241 aa  77  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1455  Ribonuclease H  35.44 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  35.22 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  36.99 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  35.67 
 
 		 151 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  32.88 
 
 		 159 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  30.06 
 
 		 160 aa  74.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  26.78 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  34.69 
 
 		 149 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  33.33 
 
 		 149 aa  73.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  35.22 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  33.33 
 
 		 151 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2077  ribonuclease H  32.47 
 
 		 183 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.498746  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  35.62 
 
 		 164 aa  71.2  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  35.53 
 
 		 147 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  35.53 
 
 		 147 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  33.56 
 
 		 160 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  34.25 
 
 		 155 aa  70.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0160  ribonuclease H  33.1 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.47083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  32.41 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  35.53 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  33.57 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  25.17 
 
 		 463 aa  69.3  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  35.53 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  35.53 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  35.53 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  32.67 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  33.33 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  33.33 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  35 
 
 		 154 aa  69.3  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84962  predicted protein  36.28 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.536372  normal  0.854998 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1879  ribonuclease H  31.17 
 
 		 183 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4135  ribonuclease H  32.75 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.204286  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  32.93 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  34.03 
 
 		 257 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  34.25 
 
 		 148 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  34.25 
 
 		 148 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  34.25 
 
 		 148 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1800  ribonuclease H  31.17 
 
 		 183 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  34.25 
 
 		 148 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  34.25 
 
 		 146 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  36.17 
 
 		 147 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  34.25 
 
 		 148 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  34.25 
 
 		 148 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  33.1 
 
 		 185 aa  68.2  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1213  ribonuclease H  29.44 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.799475 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6404  ribonuclease H  36.42 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  34.23 
 
 		 146 aa  67.8  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  34.25 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 		 527 aa  67  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3267  ribonuclease H  32.88 
 
 		 169 aa  67  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.272769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  28.67 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  30.92 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.8 
 
 		 532 aa  66.6  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1985  ribonuclease H  32.98 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000102134  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  33.56 
 
 		 150 aa  66.2  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  33.1 
 
 		 152 aa  65.9  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  34.04 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  33.57 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  29.66 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  34.29 
 
 		 142 aa  65.5  0.0000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>