More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0873 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  598  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 326 aa  334  7.999999999999999e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 302 aa  295  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 298 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  48.43 
 
 		 302 aa  295  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 298 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 298 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 298 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 298 aa  291  6e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 304 aa  291  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.53 
 
 		 298 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 292 aa  264  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  42.66 
 
 		 289 aa  261  8e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 289 aa  259  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 289 aa  259  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  40.7 
 
 		 289 aa  258  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 293 aa  258  7e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 293 aa  258  7e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  42.31 
 
 		 288 aa  257  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  41.96 
 
 		 289 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 293 aa  257  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 292 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 292 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 292 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 289 aa  251  7e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  41.52 
 
 		 290 aa  250  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 289 aa  249  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  40.85 
 
 		 292 aa  245  8e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  39.51 
 
 		 290 aa  243  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  39.16 
 
 		 290 aa  238  9e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.03 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.01 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.15 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 296 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.68 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.81 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 337 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  37.78 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  37.16 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  38.33 
 
 		 308 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>