More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2301 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  82.39 
 
 
477 aa  811    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  81.97 
 
 
477 aa  802    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.97 
 
 
477 aa  802    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  81.34 
 
 
477 aa  793    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.39 
 
 
477 aa  812    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.39 
 
 
477 aa  811    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  80.25 
 
 
476 aa  785    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.34 
 
 
477 aa  801    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.02 
 
 
477 aa  806    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.97 
 
 
477 aa  802    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.23 
 
 
477 aa  811    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.65 
 
 
477 aa  818    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  83.65 
 
 
477 aa  814    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.97 
 
 
477 aa  803    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  100 
 
 
476 aa  962    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.39 
 
 
477 aa  811    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.29 
 
 
477 aa  544  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  57.97 
 
 
487 aa  536  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  57.99 
 
 
488 aa  531  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  57.32 
 
 
493 aa  534  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  56.85 
 
 
488 aa  525  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  57.03 
 
 
488 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  53.91 
 
 
509 aa  484  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.91 
 
 
491 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.1 
 
 
491 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.1 
 
 
491 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  51.9 
 
 
491 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.1 
 
 
491 aa  465  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.5 
 
 
491 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  51.3 
 
 
491 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  53.72 
 
 
490 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.7 
 
 
491 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  53.72 
 
 
490 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  50.42 
 
 
471 aa  450  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  50.62 
 
 
471 aa  450  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.8 
 
 
482 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  50.41 
 
 
491 aa  425  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  48.98 
 
 
479 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.8 
 
 
479 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  45.38 
 
 
494 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  45.38 
 
 
494 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.49 
 
 
501 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  47.44 
 
 
501 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.91 
 
 
466 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.32 
 
 
366 aa  372  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.47 
 
 
489 aa  357  1.9999999999999998e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.22 
 
 
473 aa  352  7e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.59 
 
 
560 aa  345  1e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.38 
 
 
463 aa  307  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  38.29 
 
 
459 aa  307  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.08 
 
 
457 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.58 
 
 
467 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.13 
 
 
459 aa  302  7.000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.44 
 
 
458 aa  302  9e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.58 
 
 
467 aa  301  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
466 aa  300  4e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
464 aa  298  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.97 
 
 
442 aa  298  1e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.68 
 
 
459 aa  295  8e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.98 
 
 
484 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.51 
 
 
454 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.11 
 
 
335 aa  295  2e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  45.8 
 
 
592 aa  293  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.48 
 
 
469 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.48 
 
 
469 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.48 
 
 
469 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  39.36 
 
 
483 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.85 
 
 
515 aa  291  3e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.4 
 
 
448 aa  290  3e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  39.85 
 
 
483 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.78 
 
 
350 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.59 
 
 
454 aa  288  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.66 
 
 
459 aa  288  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.22 
 
 
466 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.14 
 
 
458 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.33 
 
 
458 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2920  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.17 
 
 
355 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
463 aa  286  4e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.53 
 
 
592 aa  286  8e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.53 
 
 
592 aa  286  8e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.24 
 
 
460 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.11 
 
 
458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.93 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  39.47 
 
 
466 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.99 
 
 
366 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.24 
 
 
457 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.93 
 
 
454 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  45.03 
 
 
455 aa  283  5.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44 
 
 
458 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1618  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.14 
 
 
486 aa  283  5.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.64 
 
 
457 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_004310  BR1117  nitrogen regulation protein NtrC  39.29 
 
 
491 aa  283  6.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.837071  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1075  nitrogen regulation protein NR(I)  39.29 
 
 
491 aa  283  6.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00433068  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.99 
 
 
409 aa  282  9e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.89 
 
 
466 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.61 
 
 
349 aa  282  1e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.17 
 
 
653 aa  281  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.53 
 
 
650 aa  282  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.99 
 
 
366 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.78 
 
 
379 aa  281  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>