More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2193 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 230 aa  481  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  98.7 
 
 		 230 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  98.7 
 
 		 230 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  98.26 
 
 		 230 aa  473  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  98.26 
 
 		 230 aa  473  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  97.39 
 
 		 230 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  97.39 
 
 		 230 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  97.39 
 
 		 230 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  97.12 
 
 		 227 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  84.14 
 
 		 231 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  82.97 
 
 		 229 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  82.89 
 
 		 230 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  82.46 
 
 		 230 aa  394  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  84.72 
 
 		 231 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  82.38 
 
 		 232 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  67.56 
 
 		 238 aa  333  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.44 
 
 		 229 aa  311  5.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  63.11 
 
 		 237 aa  309  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  58.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 233 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 233 aa  188  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  44.07 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.22 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 235 aa  175  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 236 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 232 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 233 aa  172  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  41.74 
 
 		 239 aa  169  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  41.74 
 
 		 239 aa  169  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 250 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 233 aa  168  6e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  40.41 
 
 		 240 aa  168  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  41.63 
 
 		 233 aa  168  7e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  41.53 
 
 		 236 aa  167  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 236 aa  165  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.76 
 
 		 237 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  40.76 
 
 		 237 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.76 
 
 		 237 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.74 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.92 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.33 
 
 		 244 aa  161  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1203  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.856614  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  37.39 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.48 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.91 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  35.65 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1408  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 226 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 228 aa  132  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 251 aa  132  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.07 
 
 		 227 aa  132  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  34.06 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.07 
 
 		 226 aa  131  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 236 aa  131  7.999999999999999e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 229 aa  131  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  34.07 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  34.07 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  34.07 
 
 		 229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  34.07 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  34.07 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  33.63 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.35 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2678  winged helix family two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.28 
 
 		 231 aa  129  3e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3872  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0547348  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 222 aa  129  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  35.65 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 241 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  34.91 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.34 
 
 		 233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>