More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1876 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  506  9.999999999999999e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  41.98 
 
 		 218 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  39.13 
 
 		 227 aa  135  9e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0904  GntR domain protein  35.61 
 
 		 214 aa  105  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.277363  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  34.74 
 
 		 227 aa  105  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  37.02 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 230 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 223 aa  99.4  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 		 221 aa  99.4  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 267 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.32 
 
 		 232 aa  99  7e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 223 aa  97.8  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  32 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 247 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 219 aa  96.3  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  29.87 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 223 aa  95.9  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 223 aa  95.5  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 235 aa  95.1  9e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 268 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 223 aa  94.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 214 aa  93.2  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 232 aa  92  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 223 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 224 aa  91.7  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 216 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 229 aa  90.5  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 220 aa  90.1  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 221 aa  89.4  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 223 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 214 aa  89.7  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 217 aa  89  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 235 aa  89  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 226 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 226 aa  88.6  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 216 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 233 aa  87.8  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 233 aa  88.2  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  27.89 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 213 aa  87.8  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 233 aa  87  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  32.98 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 257 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 217 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 213 aa  87  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 222 aa  87  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 260 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2845  transcriptional regulator, GntR family  36.55 
 
 		 174 aa  86.7  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0599584  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 232 aa  87  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0715  regulatory protein GntR, HTH  32.84 
 
 		 234 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 217 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 215 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 219 aa  85.9  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 227 aa  85.9  5e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  37.42 
 
 		 235 aa  86.3  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0931  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 242 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 229 aa  85.9  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5236  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.65257  normal  0.877177 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4868  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4957  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0200  transcriptional regulator, GntR family  34.22 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>